针对您提出的问题，即事业单位收到职工的免于刑事处罚判决书后应该如何处理，以下是我为您提供的详细解答：
一、法律层面的理解与应对
首先，需要明确的是，免于刑事处罚并不意味着行为人完全免除了法律责任。根据《中华人民共和国刑法》第三十七条，免予刑事处罚通常是因为行为虽构成犯罪，但情节轻微，不需要判处刑罚。此时，行为人虽保留公职身份，但仍需接受可能的行政或党纪处分。
刑事责任豁免的后续处理：
- 行为人虽免于刑事处罚，但事业单位仍需根据内部规定，对其行为进行审查，并决定是否给予相应的纪律处分。
行政处罚的衔接：
- 若违法行为同时违反了行政法规（如酒驾、赌博等），相关行政机关可依法给予警告、罚款、吊销执照等处罚。这些行政处罚与事业单位的纪律处分是并行不悖的。
民事赔偿责任的承担：
- 如果犯罪行为造成了他人损害，受害人有权通过民事诉讼主张赔偿。事业单位在处理此类事件时，应督促行为人积极履行民事赔偿责任。
二、事业单位内部的处理流程
启动调查程序：
- 事业单位在收到司法文书后，应依据《事业单位工作人员处分暂行规定》，立即启动调查程序，查明事实真相。
听取陈述申辩：
- 在调查过程中，应充分听取当事人的陈述和申辩，必要时可组织听证，确保处理决定的公正性和合理性。
作出处分决定：
- 根据违法事实的性质、情节轻重以及行为人的认错态度，事业单位应作出相应的处分决定。处分类型可能包括警告、记过、降低岗位等级或撤职等。
三、处分类型的具体考量
警告/记过：
- 适用于情节较轻且认错态度良好的情形。通过警告或记过，旨在提醒行为人注意自身行为，避免再次违法。
降低岗位等级：
- 针对存在明显工作失职或违法行为与工作职责直接相关的情况。降低岗位等级可以视为对行为人职业能力的否定，促使其深刻反思。
开除：
- 仅在违法行为严重损害公共利益或事业单位声誉时适用。开除是较为严厉的处分措施，应谨慎使用。
四、特殊情形的考量与处理
自首、立功等从轻情节：
- 如果行为人具有自首、立功等从轻情节，事业单位在量纪时应予以考虑，适当减轻处分。
处分期满后的管理：
- 处分期满后，经考核合格的行为人可解除处分并恢复相应待遇。但在此期间，其职业发展可能受到一定限制，如不得晋升职务职级、参与评优评先等。
五、后续影响与管理
职业发展限制：
- 受处分期间，行为人的职业发展将受到一定限制。这既是对其违法行为的惩戒，也是对其职业能力的重新评估。
工资待遇调整：
- 降低岗位等级处分的，行为人将按新聘岗位确定工资待遇。同时，受处分期间可能不享受年终奖金、津贴补贴等福利。
申诉救济途径：
- 如果行为人对处分决定不服，可在规定时间内向原处分决定单位申请复核。对复核结果仍有异议的，可向同级人社部门或上级主管部门提出申诉。
综上所述，事业单位在收到职工的免于刑事处罚判决书后，应依法依规进行内部处理，确保公正、合理地处分相关人员。同时，也应关注行为人的后续发展和管理，促使其真正认识到错误并改正行为。