在处理土地确权与祖宗历史使用发生冲突的问题时，主要依据的是现行有效的法律法规，核心结论在于：需通过合法程序和证据来解决冲突，确保土地确权的合法性和合理性。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律法规依据
《中华人民共和国土地管理法》：
- 该法规定了土地的所有权和使用权，以及土地确权的程序和要求。在处理土地确权与祖宗历史使用冲突时，应首先依据此法来确定土地的所有权和使用权归属。
- 特别是关于农村集体土地所有权和宅基地使用权的规定，是处理此类冲突的重要依据。例如，该法明确规定了农村集体土地属于村农民集体所有，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；宅基地则属于农民集体所有，由农村村民住宅用地申请经乡（镇）人民政府审核批准后，由县级人民政府批准。
《中华人民共和国民法典》中关于物权的规定：
- 民法典明确了物权的种类、内容、设立、变更、转让和消灭等规则，为处理土地确权问题提供了法律基础。
- 在处理冲突时，需依据民法典中关于不动产物权登记的规定，确认土地权属的合法性。例如，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
二、处理冲突的原则和程序
合法原则：
- 在处理土地确权与祖宗历史使用冲突时，必须遵循合法原则，即依据现行有效的法律法规进行确权。
- 任何违反法律法规的确权行为都是无效的，不受法律保护。
证据原则：
- 确权过程中，应充分收集和审查相关证据，包括土地权属证明、历史使用记录、相邻关系证明等。
- 证据应真实、合法、有效，能够证明土地权属的归属。
程序原则：
- 确权应按照法定程序进行，包括申请、审核、批准、登记等环节。
- 任何违反法定程序的确权行为都可能被认定为无效。
三、具体处理方式
协商解决：
- 在冲突初期，双方可以尝试通过协商解决争议。协商过程中，应充分听取对方的意见和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
- 协商成功后，可以签订书面协议，明确土地权属和使用方式。
行政调解：
- 如果协商无果，双方可以向当地土地管理部门或乡（镇）人民政府申请行政调解。
- 行政调解过程中，调解机构会依据法律法规和事实情况进行调解，促使双方达成和解协议。
法律诉讼：
- 如果行政调解也无法解决争议，双方可以向人民法院提起诉讼。
- 诉讼过程中，法院会依据法律法规和事实情况进行判决，确定土地权属和使用方式。
四、注意事项
- 尊重历史使用情况：在处理冲突时，应充分考虑土地的历史使用情况，但历史使用情况不能作为违反现行法律法规的依据。
- 保护合法权益：在处理冲突过程中，应保护双方的合法权益，避免一方利益受到不当侵害。
- 遵循法定程序：无论采取哪种处理方式，都应遵循法定程序，确保处理结果的合法性和有效性。
如果有任何关于房产纠纷（包括农村土地/宅基地问题）的法律疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律建议和解决方案。