实际控制人的认定并非由股东会决定。实际控制人的认定是一个基于法律事实和公司实际运营情况的综合判断过程，而非由股东会这一公司内部机构单方面决定。以下是对此问题的详细分析：
一、实际控制人的法律定义
根据相关法律法规及实践，实际控制人是指虽不是公司的股东，但通过投资关系、协议或者其他安排，能够实际支配公司行为的人。这一定义明确了实际控制人与股东之间的区别，即实际控制人不一定是股东，但能够对公司产生实际控制行为。
二、实际控制人的认定标准
实际控制人的认定主要依据以下标准：
股份与表决权控制：单独或者联合控制一个公司的股份、表决权超过该公司股东名册中持股数量最多的股东行使的表决权；或者单独或者联合控制一个公司的股份、表决权达到或者超过百分之三十。
董事会控制：通过单独或者联合控制的表决权能够决定一个公司董事会半数以上成员当选的。
财务与经营政策控制：能够决定一个公司的财务和经营政策，并能据以从该公司的经营活动中获取利益的。
实质重于形式原则：有关部门根据实质重于形式原则判断某一主体事实上能对公司的行为实施控制的其他情形。
三、股东会与实际控制人认定的关系
股东会作为公司的权力机构，主要负责审议和决定公司的重大事项，如选举和更换董事、审议批准公司的年度财务预算方案等。然而，股东会并不直接决定实际控制人的认定。实际控制人的认定是基于上述法律标准，结合公司的实际运营情况，由相关部门或机构（如法院、证券监管机构等）进行综合判断。
四、实际控制人认定的实践案例
在实践中，法院或证券监管机构在认定实际控制人时，会综合考虑多种因素，如协议、资金往来、人事任免权等。例如，某公司中，虽然某股东持股未超过50%，但通过与其他小股东签订协议，可实际支配公司超过30%的股份表决权，并能决定公司董事会半数以上成员选任。在这种情况下，该股东很可能被认定为公司的实际控制人。
五、法律建议
对于公司而言，明确实际控制人的身份至关重要。这有助于规范公司治理结构，保护中小股东和其他利益相关者的权益。因此，公司应定期进行实际控制人的认定工作，并确保认定过程的公正性和透明性。同时，公司也应关注实际控制人的行为，防止其滥用控制权损害公司和其他股东的利益。
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