关于承包经营中的劳动关系认定问题，这是一个涉及法律实质审查与证据认定的复杂但关键的问题。下面，我将结合相关法律法规和实际案例，为您详细解析。

一、劳动关系认定的实质性审查

根据2005年原劳动和社会保障部发布的《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号），劳动关系的认定主要基于以下三个要素：

1. 主体资格：用人单位和劳动者需符合法律、法规规定的主体资格。这意味着，无论是发包方还是承包方，以及所雇佣的劳动者，都必须具备相应的法律主体资格。

2. 从属性：劳动者需受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动。这体现了劳动关系中的从属性特征，即劳动者在劳动过程中需遵循用人单位的规章制度和工作安排。

3. 工作内容：劳动者提供的劳动应是用人单位业务的组成部分。这确保了劳动者所从事的工作与用人单位的经营活动紧密相关。

在承包经营中，尽管劳动者可能与承包方签订了劳务合同，但只要其实际工作符合上述三个要素，就应认定其与发包方（即原用人单位）之间存在劳动关系。

二、劳动关系认定的证据审查及举证责任分配

在认定劳动关系时，证据的审查至关重要。根据《通知》第二条，以下凭证可作为认定劳动关系的参考：

• 工资支付凭证或记录（如职工工资发放花名册）、缴纳各项社会保险费的记录；
• 用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件；
• 劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录；
• 考勤记录；
• 其他劳动者的证言等。

在举证责任分配上，遵循“谁主张谁举证”的原则。劳动者需提供证据证明其遵守用人单位规章制度、受用人单位劳动管理、从事的是用人单位安排的工作、用人单位给付劳动报酬等事实。而用人单位若主张劳动关系不成立，则需提供反证。

三、内部承包关系未改变用工的事实

在内部承包关系中，尽管承包方可能具有一定的经营自主权，但并未改变其与发包方之间的劳动关系。这是因为：

• 承包人通常是企业的内部成员，双方存在管理与被管理的关系；
• 承包人需遵守企业的规章制度；
• 承包人承包经营的资产为企业所有；
• 承包人独立核算、自负盈亏，但这并不改变其作为劳动者的身份。

四、实际案例解析

以山东省平邑县人民法院审结的一起确认劳动关系纠纷案为例，某木制品厂将车间承包给内部职工李某，并要求所有职工与李某签订劳务合同。然而，当职工卜某在工作中受伤时，法院仍认定其与木制品厂之间存在劳动关系。这是因为，尽管卜某与李某签订了劳务合同，但其实际工作仍受木制品厂的管理和安排，且其劳动是木制品厂业务的组成部分。

五、建议与总结

对于承包经营中的劳动关系认定问题，建议如下：

• 明确合同性质：在签订合同时，应明确合同的性质是劳务合同还是劳动合同，以避免后续纠纷。
• 保留证据：劳动者应保留好工资支付凭证、工作证、考勤记录等证据，以备不时之需。
• 依法维权：当发生劳动纠纷时，劳动者应依法维权，通过劳动仲裁或诉讼等途径解决争议。

综上所述，承包经营中的劳动关系认定需基于实质性审查和证据审查。只要劳动者实际工作符合劳动关系的三个要素，且能提供相应证据，就应认定其与发包方之间存在劳动关系。