针对您提出的“恶意侵占他人耕地修房子怎么处理”的问题，这是一个涉及土地管理和侵权责任的复杂问题，我将从法律处理、维权途径以及后续注意事项三个方面为您详细解答。
一、法律处理方式
恶意侵占他人耕地修房子属于违法行为，根据《土地管理法》及相关法律法规，处理方式主要包括以下几种：
责令退还土地：相关部门会责令违法建房者将占用的他人耕地恢复原状，退还土地，以恢复土地的原有用途和农业生产功能。
限期拆除新建建筑：对于在他人耕地上新建的房屋等建筑物和设施，会要求违法建房者在规定的期限内予以拆除，以消除违法建设对土地利用和农业生产的影响。
罚款：根据违法情节的严重程度，违法建房者可能会被处以罚款，罚款的目的在于惩罚违法行为，并起到一定的威慑作用。
没收新建建筑：在一些情况下，违法建房者新建的建筑物和其他设施可能会被依法没收，作为对其违法行为的一种制裁措施。
刑事责任：如果侵占行为情节严重，如非法占用耕地数量较大，造成耕地大量毁坏，可能触犯《刑法》中的非法占用农用地罪，面临刑事处罚。
二、维权途径
作为被侵占耕地的所有者或使用者，您可以采取以下维权途径：
协商解决：首先，您可以尝试与侵权方进行协商，要求其停止侵权行为，恢复原状或给予相应补偿。
向村委会或乡镇政府反映：如果协商无果，您可以向村委会或乡镇政府反映情况，请求他们进行调解处理。
法律途径：依据《土地管理法》等相关规定，您可以向法院提起民事诉讼，要求侵权方排除妨害、赔偿损失。如果涉及宅基地纠纷，还需先明确宅基地权属。
三、后续注意事项
收集证据：在维权过程中，关键是要收集好相关证据，如土地权属证明、建房侵占范围的证据等，以便在维权时有力支撑自身主张。
赔偿标准：在要求侵权方赔偿损失时，具体的赔偿标准可能因地区、土地性质等因素而异。一般来说，赔偿可能包括被侵占土地的市场价值、建房造成的其他实际损失等。您可以咨询专业律师或相关部门，以确定合理的赔偿标准。
执行判决：如果侵权方拒绝执行法院判决，您可以向法院申请强制执行，以确保自己能切实获得应有的权益。
综上所述，恶意侵占他人耕地修房子是违法行为，相关部门会根据具体情况采取多种措施进行处理。作为被侵占耕地的所有者或使用者，您可以通过协商、调解或法律途径来维护自己的合法权益。在维权过程中，务必注意收集证据、确定合理的赔偿标准，并确保法院判决得到有效执行。