针对您提出的“公司被行政处罚，罚款由甲方承担，应如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，当公司被行政机关给予行政处罚时，如果行政机关的处罚是合法且合理的，那么公司原则上应当接受这一处罚。这是基于行政法律关系的义务性，即公司作为行政相对人，有义务遵守行政机关的合法决定。
然而，您提到的情况是罚款由甲方承担。这通常意味着在您公司与甲方之间的某种合同或协议中，可能包含了关于行政处罚罚款承担的条款。针对这种情况，我建议您采取以下步骤：
审查合同或协议：
- 仔细审查您公司与甲方签订的合同或协议，特别是关于行政处罚罚款承担的条款。
- 确认该条款是否明确规定了罚款由甲方承担，以及承担的具体条件和范围。
与甲方沟通：
- 如果合同或协议中有相关条款，及时与甲方沟通，明确罚款的承担方式和时间。
- 如果甲方拒绝承担罚款，您可以依据合同或协议中的条款，通过协商、调解或法律途径来维护您的权益。
考虑行政复议或行政诉讼：
- 如果您认为行政机关的处罚侵犯了公司的合法权益，或者对处罚有异议，您可以根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，申请行政复议或提起行政诉讼。
- 在此过程中，您可以提供与甲方之间的合同或协议作为证据，以证明罚款应由甲方承担。
法律风险防范：
- 在未来的合同或协议签订中，建议明确约定行政处罚罚款的承担方式，以避免类似的纠纷。
- 同时，加强公司的合规管理，确保公司运营符合相关法律法规的要求，减少被行政处罚的风险。
执行与监督：
- 如果甲方同意承担罚款，确保罚款及时、足额地支付给行政机关。
- 对甲方的执行情况进行监督，确保其按照约定履行义务。
综上所述，当公司被行政处罚且罚款由甲方承担时，您应首先审查合同或协议中的相关条款，与甲方进行沟通，并考虑是否需要申请行政复议或提起行政诉讼。同时，加强公司的合规管理和法律风险防范也是非常重要的。希望这些建议能对您有所帮助。