违规经商办企业的认定，通常由纪委来进行。以下是对此问题的详细分析：

违规经商办企业的主体认定

违规经商办企业行为的主体，根据《中国共产党纪律处分条例》等相关规定，主要指的是违反规定从事营利活动的党员干部。这包括党和国家机关、人民团体中的党员干部，以及事业单位、国有企业中负有经营管理责任的人员等。

认定机构的职责

1. 纪委的职责：

   • 纪委是党内监督的专责机关，负责监督党的纪律的执行情况。
   • 对于党员干部违规经商办企业的行为，纪委有权进行调查、处理，并依据相关规定给予党纪处分。

2. 组织部的职责：

   • 组织部主要负责党的组织工作，如干部选拔、任用、管理等。
   • 虽然组织部也涉及对干部的管理，但其主要职责并不包括直接认定违规经商办企业行为。

认定流程与依据

• 认定流程：

  1. 纪委收到举报或发现线索后，会进行初步核实。
  2. 如果初步核实认为存在违规经商办企业的行为，纪委会进一步立案调查。
  3. 通过调查取证，纪委确认违规事实后，会依据相关规定给予党纪处分。

• 认定依据：

  • 主要依据《中国共产党纪律处分条例》等相关党内法规。
  • 这些法规明确规定了哪些行为属于违规经商办企业，以及相应的处理措施。

实际案例

在实际案例中，纪委通常会根据举报线索或日常监督中发现的问题，对涉嫌违规经商办企业的党员干部进行调查。如果调查属实，纪委会依据相关规定给予党纪处分，如警告、严重警告、撤销党内职务等。

综上所述，违规经商办企业的认定通常由纪委来进行。如果你对此类问题有疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。