结论：购房合同是两人签订但房产证仅登记一人的情况下，能否由一人单独办理房产证需分情况讨论，具体取决于购房合同约定、付款方式及当地不动产登记政策。以下是详细分析：

1. 若购房合同明确约定房产为两人共有，但仅登记一人名下

• 法律效果：根据《民法典》第209条，不动产物权变动需经登记才发生效力。若合同约定为共有但仅登记一人，从法律外观上看，房产归登记人单独所有。但共有人可依据合同约定主张权利（如要求加名或分割份额）。
• 办理限制：不动产登记机构通常要求全体共有人共同申请登记。若合同明确为共有，仅一人申请可能被拒绝，需补充另一方同意的书面材料（如公证委托书或共有协议）。

2. 若购房合同未明确约定共有，但实际由两人共同出资

• 权属认定：需结合付款凭证、贷款合同等证据判断。若能证明另一方实际出资，可主张“借名买房”或“隐名共有”，但需通过诉讼确认权属。
• 办理流程：若仅登记一人，另一方需先通过法律程序确认共有权，再申请变更登记。直接由一人办理可能面临登记障碍。

3. 若购房合同及付款均由一人完成，另一方仅作为共有人签字

• 单方办理可能性：若合同明确约定房产归登记人所有，另一方仅作为共有人签字（如配偶或亲属），则登记人可单独办理房产证。但需注意：
  • 若贷款购房，银行可能要求共有人共同签署贷款合同，此时需配合办理抵押登记。
  • 当地政策可能要求共有人到场确认（如部分城市规定夫妻共有房产需双方到场）。

4. 实务建议

• 核查合同条款：重点查看“产权归属”“共有方式”等条款，明确是否约定为单独所有或按份共有。
• 补充共有协议：若实际为共有但未登记，建议双方签署书面协议并公证，避免后续纠纷。
• 咨询登记机构：不同地区不动产登记政策存在差异，建议提前向当地登记中心确认所需材料。

提示：房产登记涉及重大财产权益，建议根据具体情况携带合同、付款凭证等材料，直接向我咨询具体操作流程及风险防范措施。