在专利参股合作期内需终止的情况下，清算工作需依据合作协议的约定、相关法律法规及公平原则进行，核心要点包括清算程序、资产分配、债务承担及纠纷解决机制。以下是具体分析：

1. 清算程序
   首先需审查合作协议中关于终止合作的条款，明确清算的启动条件、清算组成员的组成及职责。若协议无明确约定，则应参照《公司法》或《合伙企业法》中关于解散清算的规定，由全体合伙人或股东协商确定清算人，负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单。清算期间，公司不得开展与清算无关的经营活动。

2. 资产分配
   清算组应首先支付清算费用，包括人员工资、办公费用等；其次偿还公司债务，包括对外部债权人的债务及合作期间产生的内部债务（如专利使用费、技术转让费等）；剩余财产按出资比例或协议约定分配给各参股方。若专利作为核心资产，其价值评估需由专业机构进行，确保分配公平。需注意，若专利存在权属争议（如共有权、许可使用纠纷），需先解决争议再行分配。

3. 债务承担
   合作期间产生的债务，若属于共同债务，各参股方需按出资比例或协议约定承担连带责任；若为某一方单独行为导致的债务，则由该方自行承担。清算时，若公司财产不足以清偿债务，债权人可要求各参股方在未缴出资范围内承担补充赔偿责任。

4. 纠纷解决机制
   若清算过程中出现争议（如资产分配比例、债务承担范围等），首先应通过协商解决；协商不成，可依据合作协议中的仲裁条款提交仲裁，或直接向法院提起诉讼。需注意，专利参股合作可能涉及技术秘密保护，清算过程中需严格保密，避免泄露核心信息。

建议：清算前务必全面梳理合作协议、财务记录及专利权属文件，必要时委托专业机构进行资产评估和法律尽职调查，以确保清算程序合法合规，避免后续纠纷。若有具体问题，可直接向我咨询。