保密协议约定的违约金条款，在一般情况下是不能得到法院支持的。下面我将从法律角度详细解释这一结论。

法律分析

1. 《劳动合同法》的规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者承担违约金的情形仅限于违反服务期和竞业限制约定两种情形。这意味着，除非保密协议同时构成竞业限制协议，或者违约行为同时触犯了竞业限制条款，否则仅凭保密协议中的违约金条款是很难得到法院支持的。

2. 违约金的性质与功能：

   • 违约金是一种惩罚性措施，旨在约束合同双方遵守约定。然而，在劳动关系中，由于劳动者与用人单位之间的地位不平等，法律对违约金的约定进行了严格限制，以防止用人单位利用优势地位压迫劳动者。

3. 实际案例的支撑：

   • 通过实际案例（如上述王小明案）可以看出，法院在审理此类案件时，会严格审查保密协议中违约金条款的合法性和合理性。如果违约金条款被认定为违反法律强制性规定或显失公平，那么该条款将被视为无效。

法律建议

1. 谨慎约定违约金条款：

   • 在签订保密协议时，用人单位应谨慎约定违约金条款，确保其内容合法、合理且公平。如果可能的话，可以考虑将保密协议与竞业限制协议分开签订，以明确各自的权利和义务。

2. 加强保密措施：

   • 用人单位应加强对商业秘密的保护措施，如建立完善的保密制度、加强员工培训、限制知悉商业秘密的人员范围等。这些措施比单纯依靠违约金条款更能有效地保护商业秘密。

3. 寻求法律救济：

   • 如果劳动者违反了保密协议中的保密义务，用人单位可以依法向法院提起诉讼，要求劳动者承担经济损失赔偿责任。这种救济方式比追求违约金更为实际和有效。

综上所述，保密协议约定的违约金条款在一般情况下是不能得到法院支持的。用人单位在签订保密协议时应谨慎约定违约金条款，并加强保密措施以保护商业秘密。如果劳动者违反了保密义务，用人单位可以依法寻求法律救济。