医药公司允许挂靠本身是违法的。

具体来说，挂靠经营是指药品经营企业为其他无证单位或个人提供药品经营场地、资质证明以及票据等条件，以使挂靠经营者得以从事药品经营活动。这种行为违反了《药品管理法》和相关法规，因为药品经营必须取得药品经营许可证，而无证经营是违法的。

对于药品经营企业来说，接受挂靠的性质是出租、出借证照，这同样违反了药品管理法规。而对于挂靠经营者来说，进行挂靠的性质则是无证经营，也是违法的。挂靠经营行为不仅侵犯了消费者的利益，还扰乱了药品市场的正常秩序。

因此，医药公司不允许挂靠经营，这是法律明确规定的。如果发现有医药公司存在挂靠经营行为，相关部门将依法进行查处，并给予相应的行政处罚。情节严重的，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。

总之，医药公司应该严格遵守法律法规，不得允许挂靠经营行为的存在。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。