针对您提出的问题，即高三学生手机被保卫科扣下后自己拿回，学校可能会如何处理，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
首先，需要明确的是，学校对于学生携带手机进入校园是有明确管理规定的。根据相关法律法规，如《中华人民共和国未成年人保护法》和《未成年人学校保护规定》，学校有权禁止学生携带手机等智能终端产品进入学校或在校园内使用，或者对经允许带入的手机进行统一管理。这是学校为了维护教育教学秩序，保护学生健康成长所采取的必要措施。
对于您描述的情况，学生手机被保卫科扣下后，学生自己拿回了手机，这一行为显然违反了学校的手机管理规定。学校在处理此类事件时，通常会遵循以下原则：
依法依规处理：学校会依据相关法律法规和学校内部的规章制度，对学生的违规行为进行认定和处理。这包括但不限于警告、记过、留校察看等纪律处分。
注重教育引导：学校在处理学生违规行为时，会注重教育引导，帮助学生认识到自己的错误，并引导他们树立正确的价值观和行为习惯。因此，学校可能会要求学生写出深刻检查，或者进行面对面的教育谈话。
保护学生权益：在处理过程中，学校会尊重和保护学生的合法权益，包括财产权、隐私权和受教育权等。学校不会采取毁坏财物、侵犯隐私或剥夺受教育权等不当方式进行处理。
具体到您的情况，学校可能会采取以下措施之一或组合：
给予纪律处分：根据学校内部的处分条例，学生可能会受到警告、记过等纪律处分。这取决于学生违规行为的严重程度以及学校的具体规定。
要求归还手机并加强管理：学校可能会要求学生归还手机，并加强对其手机使用的监管。例如，学校可能会要求学生将手机交给家长保管，或者在学校指定的时间和地点使用。
进行教育引导：学校可能会安排教师或辅导员与学生进行面对面的教育谈话，帮助他们认识到自己的错误，并引导他们树立正确的手机使用观念。
最后，我想强调的是，学校在处理此类事件时，会秉持公平、公正和育人的原则，既要维护学校的规章制度，又要尊重和保护学生的合法权益。因此，我建议您或您的孩子积极配合学校的处理工作，认真反思自己的行为，并努力改正错误。同时，也希望您能够加强与学校的沟通联系，共同为孩子的健康成长创造良好的环境。