协议上写着一式两份但只签了一份，这份协议在特定条件下依然是有效的。具体分析如下：
一、协议有效的条件
双方认可并实际履行：
- 如果双方都认可这份已签署的协议，并且实际上已经按照协议的内容履行了各自的义务，那么这份协议就是有效的。因为双方的实际履行行为构成了对协议内容的默认和遵守。
协议内容合法合规：
- 协议的内容不违反法律法规的强制性规定，不存在欺诈、胁迫等可撤销的情形，且双方的意思表示真实，那么这份协议也是有效的。
二、协议可能存在的风险
证据留存风险：
- 从证据的角度来看，如果协议只签了一份，那么在日后发生纠纷时，可能存在证明协议内容及双方权利义务不够充分的风险。例如，对方可能否认协议中的某些条款，而单份协议可能难以有力反驳。
合同未成立或无效的风险：
- 如果合同双方都未在一式两份的合同上签字盖章，那么合同通常尚未成立，对双方不产生法律约束力。
- 若合同存在违反法律、行政法规的强制性规定，违背公序良俗或损害社会公共利益等情形，则合同可能无效。
三、建议
补签协议：
- 为了避免潜在的风险，建议双方尽快补签另一份协议，确保双方都持有一份完整的协议。这样，在需要时可以更好地维护自身的权益。
妥善保存协议：
- 无论是已经签署的协议还是补签的协议，都应该妥善保存。避免协议丢失或损坏，以免在日后发生纠纷时无法提供有效的证据。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份一式两份的买卖合同，但只签了一份。如果双方都已经按照合同的内容履行了各自的义务（如甲方已经交付了货物，乙方已经支付了货款），并且合同的内容不违反法律法规的强制性规定，那么这份合同就是有效的。但是，如果日后发生纠纷，甲方可能难以证明合同中的某些条款（如交货时间、地点等），因为只有一份合同。因此，为了避免这种风险，建议双方尽快补签另一份合同并妥善保存。
如果有任何关于合同纠纷的法律问题，都可以直接向我咨询。