当公安机关认为证据确凿并将案件移送至检察院时，检察院的处理方式并非简单地直接起诉，而是会进行一系列独立且全面的审查。

首先，检察院拥有独立的审查权。这意味着，即便公安机关认为证据已经充分且确凿，检察院仍然需要依据《刑事诉讼法》的相关规定，从事实认定、证据采信以及法律适用等多个方面对案件进行细致的审查。这一步骤是确保案件质量、维护司法公正的重要环节。

在审查过程中，检察院会特别关注是否存在法定不起诉的情形。例如，如果案件情节显著轻微、危害不大，且不构成犯罪，或者犯罪已经超过了追诉时效期限，那么检察院应当作出不起诉的决定。此外，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的案件，检察院也有权作出不起诉的决定。

另外，如果案件在经过二次补充侦查后，仍然存在证据不足、不符合起诉条件的情况，检察院同样会决定不起诉。这是为了确保起诉的准确性和公正性，避免因为证据不足而导致的误判或错判。

综上所述，当公安机关认为证据确凿并将案件移送至检察院时，检察院会依法进行独立且全面的审查，并根据审查结果决定是否起诉。这一过程体现了我国司法制度的严谨性和公正性，也是保障公民合法权益的重要措施。