大本抵押最怕的三个理由分别是抵押物存在法律纠纷、抵押合同存在瑕疵以及未能按时还款。以下是对这三个理由的详细分析：

一. 抵押物存在法律纠纷

1. 法律风险：根据《中华人民共和国民法典》第三百九十九条的规定，所有权、使用权不明或者有争议的财产不得抵押。如果抵押的大本（通常指车辆登记证）所涉及的车辆存在法律纠纷或产权争议，如车辆为盗抢车、存在非法来源，或涉及其他债权债务纠纷，那么抵押权人（即接受抵押的一方）可能面临巨大的法律风险。

2. 案例警示：在实际操作中，如果抵押物存在法律纠纷，抵押权人在实现抵押权时可能会遇到重重阻碍，甚至可能无法收回本金或利息。例如，抵押车辆被法院查封或执行，导致抵押权人无法对车辆进行处置。

二. 抵押合同存在瑕疵

1. 合同效力问题：抵押合同是抵押权设立的重要法律文件，如果抵押合同存在瑕疵，如合同条款不明确、未明确约定双方权利义务、未办理抵押登记手续等，都可能导致抵押权无法有效设立或抵押权人在实现抵押权时遇到障碍。

2. 法律后果：根据《中华人民共和国民法典》第四百零二条的规定，以本法第三百九十五条第一款第一项至第三项规定的财产或者第五项规定的正在建造的建筑物抵押的，应当办理抵押登记。抵押权自登记时设立。如果未办理抵押登记手续，抵押权人可能无法享有优先受偿权。

三. 未能按时还款

1. 经济负担加重：如果抵押人未能按时还款，不仅会产生高额的罚息和违约金，还会对抵押人的信用记录造成严重影响。这将使得抵押人在未来申请贷款或信用卡时面临更高的门槛和更差的条件。

2. 抵押物被处置：根据《中华人民共和国民法典》第四百一十条的规定，债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形，抵押权人可以与抵押人协议以抵押财产折价或者以拍卖、变卖该抵押财产所得的价款优先受偿。这意味着如果抵押人未能按时还款，抵押权人有权依法处置抵押物以实现其债权。

总结：在进行大本抵押时，抵押人应确保抵押物不存在法律纠纷，与抵押权人签订合法有效的抵押合同，并按时履行还款义务。抵押权人也应对抵押物进行充分的调查和价值评估，以降低法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。