遗产公证是可以只公证一部分存款的。以下是对此问题的详细解析：
一、法律依据
我国相关法律明确指出，公证是对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。在遗产公证方面，当事人拥有自主选择权，能够根据自身的意愿以及实际面临的情况，决定是否对全部遗产进行公证，还是仅选择部分遗产进行公证。这种规定充分尊重了当事人的自主意愿，使其在遗产处理上有更大的灵活性。
二、实际操作与原因
在实际生活中，遗产的构成往往较为复杂，可能涉及多种财产形式，例如房产、存款、股权等。当事人可能会出于各种不同的原因，选择只对部分遗产进行公证。对于存款而言，如果存款金额不大，或者部分存款存在权属争议、急需确定归属以便进行后续的交易或管理等操作，当事人就可以根据实际需求，有针对性地选择部分存款进行公证。
三、注意事项
公证程序必须合法：虽然法律允许只对一部分遗产进行公证，但公证程序必须严格遵循法律规定以及公证机构的要求。当事人需要准备真实、合法且充分的证明材料，包括存款的相关凭证、继承人的身份信息等，以确保公证的效力。
未公证部分的处理：对于未公证的部分存款，如果后续出现纠纷，可能需要通过其他法定程序，如诉讼、调解等，来明确其归属。因此，当事人在决定只公证部分存款时，应充分考虑未公证部分可能带来的风险。
四、具体案例
假设小朱去世后留下多笔存款作为遗产。其继承人小李和小胡就遗产分配产生分歧，其中部分存款存在权属争议。小李希望对存在争议的这部分存款进行公证，以明确归属，而小胡认为应全部存款一起公证。根据法律，小李有权根据实际情况只对存在争议的这部分存款申请公证，以解决权属争议问题，保障自身权益。在申请公证时，小李需准备好存款相关凭证、自身及其他继承人身份信息等真实合法材料，确保公证效力。
综上所述，遗产公证是可以只公证一部分存款的，但当事人在操作过程中应严格遵守法律规定和公证机构的要求，并充分考虑未公证部分可能带来的风险。