结论：公司因员工下班打卡超过三小时而进行考核是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。

分析：

1. 公司规章制度：

   • 首先，要查看公司的规章制度中是否有关于打卡时间的规定以及相应的考核措施。如果公司规章制度明确规定了打卡时间，并且对于超过规定时间打卡有明确的考核或处罚措施，那么公司按照规章制度执行是合法的。但前提是，这些规章制度必须经过民主程序制定，并且已经向员工公示或告知。

2. 劳动合同约定：

   • 其次，要检查劳动合同中是否有关于工作时间和打卡时间的约定。如果劳动合同中有明确约定，并且员工违反了这些约定，公司有权根据劳动合同进行考核或处罚。但同样，这些约定必须合法、合理，并且不得违反法律法规的强制性规定。

3. 法律法规限制：

   • 从法律法规的角度来看，公司对员工进行考核或处罚必须遵守相关法律法规的规定。例如，《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规对工作时间、休息休假、工资支付等方面都有明确规定。如果公司的考核或处罚措施违反了这些法律法规的规定，那么就是不合法的。

4. 合理性判断：

   • 除了上述法律和合同方面的考虑外，还需要从合理性的角度进行判断。如果公司因为员工下班打卡超过三小时就进行严厉的考核或处罚，而忽略了员工可能存在的合理原因（如交通拥堵、突发情况等），那么这种考核或处罚措施可能缺乏合理性。

建议：

• 如果您认为公司的考核或处罚措施不合法或不合理，可以先与公司进行沟通协商，尝试解决问题。
• 如果沟通协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

后续行动：

• 在处理此类问题时，建议您保留好相关证据（如打卡记录、公司规章制度、劳动合同等），以便在需要时提供证明。
• 同时，您也可以咨询我，作为专业律师，我可以为您提供更具体的法律建议和帮助。

总之，公司因员工下班打卡超过三小时而进行考核是否合法，需要根据公司的规章制度、劳动合同约定以及法律法规的规定进行综合判断。如果您对此有疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。