民办非企业单位的法定代表人并不必然就是理事长，但在多数情况下，法定代表人会由理事长担任。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定与常规做法
根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》及相关规定，民办非企业单位的法定代表人一般应由会长（理事长）担任。这是基于一种常规做法和法律上的倾向性规定，旨在确保民办非企业单位的稳定运营和有效管理。然而，这并不意味着法定代表人必须由理事长担任，法律也允许在特殊情况下由副会长（副理事长）或秘书长担任法定代表人，但需报登记管理机关批准同意。如有业务主管单位的，还需报业务主管单位审查并经登记管理机关批准，方可担任，并在章程中写明。
二、特殊情况下的法定代表人选择
由副会长或副理事长担任：在特殊情况下，如理事长因故无法担任法定代表人，或出于其他合理考虑，民办非企业单位可以选择由副会长或副理事长担任法定代表人。但这一选择需经过严格的审批程序，包括报登记管理机关批准同意，以及如有业务主管单位时的审查程序。
由秘书长担任：同样，在特殊情况下，秘书长也有可能被选为法定代表人。但这一选择同样需要经过上述审批程序。
三、法定代表人的限制与要求
不得兼任其他社会团体的法定代表人：民办非企业单位的法定代表人不得同时兼任其他社会团体的法定代表人，这是为了确保各社会团体之间的独立性和避免利益冲突。
需具备完全民事行为能力：担任民办非企业单位的法定代表人，需具备完全民事行为能力，能够独立承担民事责任。
四、法律建议与风险提示
明确章程规定：民办非企业单位在制定或修改章程时，应明确规定法定代表人的产生方式、职责和权限等，以确保单位运营的合法性和规范性。
遵守审批程序：在特殊情况下选择由非理事长担任法定代表人时，务必遵守相关的审批程序，确保选择的合法性和有效性。
注意法律风险：违反相关法律规定选择法定代表人，可能导致单位面临法律风险和行政处罚。因此，在选择法定代表人时，应谨慎考虑并遵守相关法律法规。
如果您在民办非企业单位法定代表人选择方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。