在小区内建医院是否合法不能一概而论，需结合具体情况判断，具体分析如下：

1. 规划与土地性质层面
   根据《城乡规划法》和《土地管理法》，小区土地用途在规划时已明确（如住宅用地、商服用地等）。若原规划未包含医疗用途，需依法申请调整规划：

   • 调整程序：需经规划部门组织专家论证、公示并听取利害关系人意见，符合公共利益需求（如周边医疗资源匮乏）且不影响小区安全、环境时，可能获批。
     
   • 禁止情形：若调整后导致小区容积率超标、消防通道被占用或产生医疗废物污染风险，则规划调整可能被否决。

2. 环保与安全层面
   即使规划调整通过，仍需满足环保和安全要求：

   • 环保审批：根据《环境影响评价法》，医院需编制环评报告，确保废水、废气、辐射（如X光机）等污染物达标排放。
     
   • 消防要求：依据《消防法》，医院建筑需符合特殊消防标准（如双电源供电、独立疏散通道），若小区原有消防设施无法满足，需改造升级。

3. 业主权益层面
   根据《民法典》第278条，改变共有部分用途或利用共有部分从事经营活动，需经专有部分面积占比三分之二以上的业主且人数占比三分之二以上的业主参与表决，并经参与表决专有部分面积四分之三以上的业主且参与表决人数四分之三以上的业主同意。

   • 例外情形：若医院建设不占用共有部分（如利用开发商自持的商业用房），则无需业主共同决定，但需保障业主知情权。

4. 行政许可层面
   医院建设需取得《医疗机构执业许可证》，申请时需提交：

   • 设置医疗机构可行性研究报告；
     
   • 选址报告和建筑设计平面图；
     
   • 消防、环保等部门出具的合格证明。
     未取得许可擅自开业，将面临行政处罚（如罚款、停业整顿）。

建议：若您所在小区面临此类问题，可先向当地规划部门查询土地规划用途，再通过业主大会表达意见。如涉及侵权（如噪音、污染），可依据《民法典》第236条要求排除妨害。如有具体纠纷，欢迎直接向我咨询细节。