当自诉案件被按公诉程序处理时，这确实是一个涉及法律程序转换的复杂问题。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：
一、侦查阶段的处理
向侦查机关说明情况：
- 一旦您发现自诉案件被按公诉程序处理，首先应向侦查机关明确说明该案件属于自诉范畴，并请求撤销案件。
- 您可以提供相关法律法规或案例，以支持您的观点。
保留相关证据：
- 在此阶段，务必保留好所有与案件相关的证据，包括但不限于书面材料、录音、录像等。
- 这些证据将在后续的法律程序中起到关键作用。
二、审查起诉阶段的处理
向检察院提出意见：
- 如果侦查机关未对您的请求作出回应，案件进入审查起诉阶段后，您应向检察院提出该案件应自诉的意见。
- 您可以提交书面意见，并附上相关证据和法律依据。
检察院的审查与决定：
- 检察院将对您的意见进行审查，并决定是否提起公诉。
- 如果检察院经审查认定该案件属于告诉才处理的案件，应作出不起诉决定。
三、审判阶段的处理
被告人的抗辩权：
- 如果案件已进入审判阶段，被告人有权以该案件应属自诉为由进行抗辩，要求法院终止审理。
- 被告人应提供充分证据支持其抗辩理由。
被害人的自诉权：
- 作为被害人，如果您符合自诉条件，也可直接向法院提起自诉。
- 法院经审查确定为自诉案件的，会按自诉程序重新审理。
四、特殊情况的处理
轻微刑事案件的处理：
- 对于轻微刑事案件，如果符合自诉条件，法院可能会告知检察院按自诉程序办理。
- 如果检察院坚持起诉，法院也会进行审理并作出裁判。
司法实践中的灵活性：
- 司法实践中，此类情况并不多见，且处理办法可能因案件事实和证据的不同而有所差异。
- 因此，在处理此类案件时，需要依据案件实际情况和法律规定进行灵活应对。
五、建议与注意事项
寻求专业法律帮助：
- 在处理此类复杂法律问题时，建议您寻求专业律师的帮助。
- 律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，确保您的合法权益得到维护。
保持沟通与协商：
- 在整个法律程序中，保持与侦查机关、检察院和法院的沟通与协商至关重要。
- 通过积极沟通，您可以更好地了解案件进展和法律程序，从而做出更明智的决策。
尊重法律程序：
- 无论案件如何处理，都应尊重法律程序和法院的判决。
- 如果您对判决结果有异议，可以通过合法途径提出上诉或申诉。
综上所述，当自诉案件被按公诉程序处理时，您应依据法律程序和规定进行应对。通过向侦查机关说明情况、向检察院提出意见、在审判阶段行使抗辩权和自诉权等方式，维护自己的合法权益。同时，建议您寻求专业法律帮助，以确保案件得到妥善处理。