当司法鉴定结果被应用于民事案件，并且该案件已经经过法院判定后，其处理方式通常遵循以下步骤和原则：
一、判决履行
无异议履行：若当事人对法院的判决结果没有异议，那么应当按照判决内容履行相应的义务。这可能包括支付款项、交付财物、停止侵害行为等。履行判决是当事人的法定义务，也是民事案件处理的重要环节。
履行方式：履行判决的方式多种多样，可以是直接支付现金、转账、交付实物等。具体方式应根据判决内容和双方当事人的约定来确定。
二、强制执行
申请强制执行：若一方当事人不履行判决，另一方当事人有权在规定期限内向法院申请强制执行。法院在收到申请后，会依法采取查询、冻结、划拨等措施，以促使义务人履行判决。
执行措施：法院在执行过程中，可以采取多种措施来确保判决的履行。例如，查询义务人的银行账户、冻结其资金、划拨其存款等。对于拒不履行判决的义务人，法院还可以采取罚款、拘留等强制措施。
三、上诉与再审
上诉：若当事人对一审判决不服，可以在上诉期内向上一级法院提起上诉。上级法院会对案件进行全面审查，并作出维持原判、改判或发回重审的裁定。上诉是当事人维护自身权益的重要途径。
再审：若发现判决确有错误，当事人或相关利害关系人可以通过审判监督程序申请再审。法院在收到再审申请后，会依法对案件进行再次审理，并作出相应的判决或裁定。再审是纠正错误判决、维护司法公正的重要机制。
四、执行和解
自行和解：在执行过程中，双方当事人也可以自行和解，达成和解协议并履行完毕。和解协议是双方当事人自愿达成的，具有法律效力。一旦和解协议履行完毕，法院可以终结执行程序。
和解效力：和解协议的履行意味着双方当事人已经就争议事项达成了共识，并愿意按照协议内容来履行各自的义务。和解协议的履行不仅有助于化解矛盾、促进和谐，还可以减轻法院的执行负担。
五、注意事项
遵守法律程序：在处理民事案件时，当事人应严格遵守法律程序，按照法院的要求和时间节点来履行义务或行使权利。
保留证据：在诉讼过程中，当事人应妥善保管相关证据，以便在需要时提供给法院。证据是法院认定事实、作出判决的重要依据。
寻求专业帮助：若当事人对法律程序或判决结果存在疑问或不满，可以寻求专业律师的帮助。律师可以为当事人提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助当事人维护自身权益。
综上所述，当司法鉴定结果被应用于民事案件并经过法院判定后，当事人应按照判决履行义务、申请强制执行（如需要）、考虑上诉或再审（如对判决不服）、尝试执行和解（如可能），并严格遵守法律程序、保留证据、寻求专业帮助。