在主合同条款与招标文件不一致时，一般应以招标文件为准，但需根据具体情况和法律规定来判断。以下是对此问题的全面分析：
一、招投标合法合规情况下的处理原则
实质性内容不一致：
- 法律依据：根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条及《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十七条，招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，且不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。这里的实质性内容通常包括工程质量标准、价格、履行期限等关键条款。
- 处理方式：当合同条款与招标文件中的实质性内容不一致时，应以招标文件为准。这是因为招标文件是招投标活动的基础，体现了招标人的真实意愿和项目要求，而合同作为双方协商一致的结果，虽然具有法律约束力，但不得违背招标文件的实质性内容。
- 案例说明：假设在某建筑工程项目中，招标文件明确规定工程质量标准为优质工程，而合同中却降低为合格工程。在这种情况下，由于工程质量标准属于合同的实质性内容，因此应以招标文件中的优质工程标准为准。
非实质性内容不一致：
- 原因：非实质性内容通常不影响合同的主要权利义务和项目基本性质，如通知方式、文件送达地址等。这些内容的变更通常不会对招投标活动的公平性和公正性造成实质性影响。
- 处理方式：对于非实质性内容的不一致，通常以合同约定为准。因为合同是双方当事人真实意思的表示，且非实质性内容的变更不会损害招标人的利益或影响项目的顺利进行。
- 案例说明：若招标文件中规定书面邮寄通知，而合同中约定电子邮件通知。这种变更属于非实质性内容，且电子邮件通知更为便捷高效，因此应以合同约定的电子邮件通知方式为准。
二、招投标违法违规情况下的处理原则
- 法律依据：根据《中华人民共和国招标投标法》第五十三条，投标人相互串通投标或与招标人串通投标、以行贿手段谋取中标的，中标无效。这意味着如果招投标过程存在违法违规行为，那么基于该招投标活动签订的合同也可能无效。
- 处理方式：若招投标过程存在违法违规行为，导致合同无效或部分条款无效，此时需根据具体情形通过法律途径重新确定权利义务关系。这可能包括重新招标、协商修改合同条款或解除合同等。
三、建议与注意事项
招标人：
- 在项目策划阶段做足准备，明确需求，避免后期频繁变更。
- 在编制招标文件时合理分配风险，拟定合同条款时应当保持细微谨慎的态度，充分考虑两者的一致性。
- 给投标人充分的答疑时间，确保投标人对招标文件有充分的理解。
投标人：
- 在投标阶段认真审查招标文件及相关的配套文件，若发现问题及时在投标答疑会提出并解决。
- 签订合同时详细比对招投标文件，确保合同与招投标文件内容一致，避免争议发生时各方各执一词。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。