您好，关于直营店员工是否可以直接告总部的问题，这主要取决于具体的法律关系和争议内容。

首先，如果直营店员工与总部之间存在劳动关系，并且员工认为总部侵犯了其劳动保障合法权益（如拖欠工资、违反劳动法规定的工作时间等），那么员工是有权向劳动保障监察机构进行投诉或举报的。根据《劳动保障监察条例》及相关规定，员工可以向有管辖权的劳动保障行政部门递交投诉文书，或者采取书信、传真、电话等形式进行举报。

其次，如果员工与总部之间的争议已经经过了劳动仲裁程序，并且员工对仲裁结果不服，那么根据劳动法的规定，员工可以向仲裁委员会所在地的法院提起诉讼。这是法律赋予员工的诉讼权利，用于维护自身的合法权益。

然而，如果直营店员工与总部之间的争议并非基于劳动关系，而是基于其他民事关系（如合同纠纷、侵权纠纷等），那么员工可能需要直接向有管辖权的人民法院提起诉讼，而无需先经过劳动仲裁程序。在这种情况下，员工应根据具体的民事法律规定和诉讼程序来维护自己的权益。

最后，我想强调的是，无论员工选择哪种方式来维护自己的权益，都需要确保有充分的证据来支持自己的主张。这包括但不限于劳动合同、工资单、考勤记录、工作证等能够证明劳动关系和争议事实的书面材料。

综上所述，直营店员工在认为总部侵犯其合法权益时，是有权进行投诉、举报或提起诉讼的。但具体选择哪种方式，需要根据争议的性质和法律规定来决定。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。