非法营运缴纳罚款后，一般情况下仍然不能上高速。这主要是因为非法营运行为本身违反了相关法律法规，并且存在安全隐患，而高速公路的管理更为严格，以确保行车安全。

一、非法营运的违法性与后果

非法营运，即未取得道路运输经营许可而擅自从事道路运输经营的行为，是违反《中华人民共和国道路运输条例》的。这种行为不仅面临行政处罚，如责令停止经营、没收违法所得、罚款等，而且在情节严重的情况下，还可能构成犯罪，受到刑事处罚。

二、高速公路的特殊管理要求

高速公路是专供汽车分道高速行驶并全部控制出入的公路，其管理更为严格。为了确保行车安全，管理部门会对进入的车辆进行严格检查。非法营运车辆由于可能存在安全隐患，如车辆性能不达标、驾驶员资质不足等，因此即使已经缴纳了罚款，也可能被拒绝进入高速公路。

三、缴纳罚款并不等同于合法化

缴纳罚款只是对非法营运行为的一种处罚方式，它并不意味着该行为已经合法化或安全隐患已经消除。管理部门在处罚非法营运时，可能会采取多种措施，如暂扣车辆、限制行驶范围（包括不得上高速）、纳入失信名单进行联合惩戒等。因此，即使缴纳了罚款，车辆也可能因为其他处罚措施而无法上高速。

四、具体案例与规定

以某次执法行动为例，一辆小型普通客车因两次非法营运被查，被列入重点监管名单，并在重点监管期间被各高速公路营运公司拒绝驶入高速公路。这进一步说明了非法营运行为在缴纳罚款后，仍然可能面临无法上高速的情况。

五、建议与措施

1. 严格遵守法律法规：车主和驾驶员应严格遵守相关法律法规，不要从事非法营运等违法行为。
2. 履行处罚决定并申请解除限制：如果已经被处罚并限制上高速，应及时、足额缴纳罚款，完成整改措施，并向交通运输管理部门提出申请，要求解除限制措施。
3. 关注信用修复：如果被纳入失信名单，应积极关注信用修复政策，符合条件时提出信用修复申请。

综上所述，非法营运缴纳罚款后并不能直接上高速。为了确保行车安全和遵守法律法规，建议车主和驾驶员严格遵守相关规定，不要从事非法营运等违法行为。