助理代替执业医师签字是违法的。这一行为涉及多个层面的法律问题，以下从不同角度进行详细分析：
一、违反法律法规
《中华人民共和国医师法》（原《中华人民共和国执业医师法》）明确规定，医师在执业活动中应亲自诊查、调查，并按照规定及时填写医学文书，包括病历等，且不得隐匿、伪造或销毁医学文书及有关资料。助理代替执业医师签字，实质上是伪造了医师的签名，违反了医师亲自签名的法定要求，破坏了病历的真实性和准确性原则。
《病历书写基本规范》也明确要求，病历应当由相应医务人员签名，以确保病历的真实性和合法性。对于篡改、伪造、隐匿、毁灭病历资料的行为，医疗机构将面临警告、罚款等行政处罚。情节严重的，还将对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予或责令给予降低岗位等级、撤职等处分；造成严重后果的，甚至可能面临开除处分，并由原发证部门吊销相关医务人员的执业证书。
二、影响医疗决策与患者权益
病历作为患者疾病诊断、治疗过程的重要记录，是后续医疗决策的关键依据。若病历上的签名不真实，即助理代替执业医师签字，可能导致后续医生对患者病情的误判，进而影响治疗方案的准确性和及时性。这种误导性的信息不仅可能延误患者的最佳治疗时机，还可能对患者的健康利益造成严重损害。
三、引发医疗纠纷及法律责任
在医疗纠纷案件中，病历是重要的证据材料。虚假签名会严重影响病历的证据效力，使医院和相关责任人在纠纷处理中陷入不利境地。一旦被发现病历存在代替签名的情况，医院和相关责任人不仅可能面临民事赔偿责任，如赔偿患者因误诊、误治而遭受的损失，情节严重的还可能涉及刑事犯罪。例如，在重大医疗事故案件中，若存在篡改、伪造病历签名等行为，可能构成医疗事故罪或其他相关罪名，导致严重的法律后果。
四、特殊情况考量
虽然一般情况下助理代替执业医师签字是违法的，但在某些紧急情况下，如患者急需救治而执业医师无法及时签字时，助理可能需要在执业医师的指导下或根据医院的紧急处理流程进行必要的医疗措施，并尽快补签或由执业医师事后确认。然而，这并不意味着助理可以随意代替执业医师签字，而是在特殊情况下需要权衡利弊，做出最符合患者利益的决策，并确保后续有合法的补救措施。
建议：
如有任何医疗纠纷或法律疑问，请直接向我咨询，我将为你提供专业的法律意见和帮助。