针对您提出的“项目连续流标两次后怎么办”以及“代理费谁出”的问题，我将结合相关法律法规和实际操作流程，为您进行详细解答。
一、项目连续流标两次后的处理方式
当项目连续流标两次后，根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标人可以采取以下两种处理方式：
向有关行政监督部门备案核准后不再招标：
- 在这种情况下，招标人可以选择不再进行公开招标，而是采取其他非招标方式进行采购，如竞争性谈判、单一来源采购等。
- 招标人可以自主选择中标人，但需确保选择过程公平、公正、透明，并符合相关法律法规的要求。
继续公告，公开进行再次招标：
- 如果招标人认为仍有必要通过公开招标的方式选择中标人，可以选择继续公告，并公开进行再次招标。
- 在再次招标前，招标人应对前两次流标的原因进行深入分析，并采取相应的改进措施，以提高招标的成功率。
二、代理费的承担问题
关于代理费的承担，这通常取决于招标人与代理机构之间的合同约定。一般来说，代理费是招标人为了委托代理机构进行招标活动而支付的费用。在项目连续流标两次的情况下，代理费的承担可能涉及以下几种情况：
合同中有明确约定：
- 如果招标人与代理机构之间的合同中明确约定了代理费的承担方式，包括在流标情况下的处理方式，那么双方应按照合同约定执行。
合同中无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定代理费的承担方式，那么双方可以协商解决。通常情况下，代理机构已经完成了招标活动的部分或全部工作，因此招标人可能需要支付一定的代理费。但具体支付金额和方式需要双方根据实际情况进行协商。
法律法规的规定：
- 如果相关法律法规对代理费的承担有明确规定，那么双方应遵守法律法规的规定。例如，在某些情况下，法律法规可能规定招标人应承担全部或部分代理费。
建议：
- 在处理项目连续流标两次的问题时，招标人应首先与代理机构进行沟通，明确代理费的承担方式。
- 如果双方无法达成一致意见，可以考虑寻求法律援助或咨询相关专家，以维护自身合法权益。
- 同时，招标人应深入分析流标原因，采取改进措施，提高招标的成功率，避免类似情况的再次发生。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。