两个自然村的林地办一个村的林权证，并不直接导致此证被吊销，但可能因违规操作而面临吊销风险。以下从不同角度进行分析：
一、林权证办理的基本原则
林权证是确认森林、林木和林地所有权或使用权的法律凭证。根据相关法律法规，林权证的办理应当遵循“一地一证”的原则，即每一块林地应当对应一个林权证。如果两个自然村的林地被错误地办理在一个林权证下，这显然违反了“一地一证”的原则，可能构成违规操作。
二、违规操作的法律后果
行政处罚：
- 如果林权证的办理过程中存在违规行为，如虚假申报、伪造材料等，相关部门有权对违规行为进行行政处罚，包括但不限于警告、罚款、吊销林权证等。
吊销林权证的可能性：
- 在违规操作被查实的情况下，如果违规行为严重到足以影响林权证的合法性和有效性，相关部门可能会决定吊销该林权证。吊销林权证意味着该林权证所确认的森林、林木和林地所有权或使用权将不再受到法律保护。
三、如何避免林权证被吊销
合规办理：
- 确保在办理林权证时，严格遵守相关法律法规和办理程序，提供真实、准确的材料和信息。
及时更正：
- 如果发现林权证办理过程中存在错误或违规行为，应当及时向相关部门报告并申请更正。通过合法途径解决问题，避免违规行为进一步恶化。
加强监管：
- 相关部门应加强对林权证办理过程的监管，确保办理程序的合法性和规范性。对于发现的违规行为，应及时进行查处和纠正。
四、法律建议
- 对于已经办理的林权证：如果发现存在两个自然村的林地被错误地办理在一个林权证下的情况，建议立即向当地林业主管部门报告，并申请更正或重新办理。
- 对于正在办理或计划办理林权证的情况：务必确保办理程序的合法性和规范性，提供真实、准确的材料和信息，避免违规行为的发生。
如有任何关于林权证办理或相关法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。