公众聚集场所投入使用、营业前消防安全检查合格证，应由场所所在地的县级以上地方人民政府消防救援机构进行合法办理。以下是详细解释：
法律依据
根据《中华人民共和国消防法》第十五条的规定，公众聚集场所在投入使用、营业前，建设单位或者使用单位应当向场所所在地的县级以上地方人民政府消防救援机构申请消防安全检查。这是法律明确规定的办理机构和程序。
办理流程与所需材料
申请方式：
- 申请人可以选择采用告知承诺制方式办理，或者选择不采用告知承诺方式办理。
所需材料：
- 消防安全检查申报表；
- 企业名称预先核准通知书或工商营业执照、法人、委托人身份证复印件、授权委托书；
- 消防安全管理制度、灭火应急疏散预案；
- 员工消防安全教育培训记录、自动消防系统操作人员证书复印件；
- 房屋租赁合同或房产证复印件；
- 场所平面布置图；
- 消防产品的质量合格证明文件复印件（包含消防应急照明灯具、消防应急标志灯具、灭火器检验报告、防火门检验报告）。
办理流程：
- 提交申请材料至场所所在地的县级以上地方人民政府消防救援机构；
- 消防救援机构对申请人提交的材料进行审查；
- 申请材料齐全、符合法定形式的，消防救援机构应当予以许可，并作出同意或者不同意投入使用或者营业的决定；
- 许可文书应及时送达申请人。
法律后果
如果公众聚集场所未经消防安全检查或者经检查不符合消防安全要求，擅自投入使用、营业的，根据《中华人民共和国消防法》第五十八条第一款第四项的规定，将由消防救援机构责令停止使用或者停产停业，并处三万元以上三十万元以下罚款。
建议与提醒
- 提前办理：在公众聚集场所投入使用、营业前，务必提前向当地消防救援机构申请消防安全检查，以确保场所的合法性和安全性。
- 准备充分：在申请时，应准备齐全所需的材料，并确保材料的真实性和准确性。
- 遵守法规：在场所运营过程中，应严格遵守消防安全法规，定期进行消防安全检查和维护，确保场所的消防安全。
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