结论前置：经乡镇政府批准的村委会转让非农建设用地征地补偿款协议，其效力需结合土地性质、审批权限、程序合法性及合同内容综合判断，可能因违法而无效，也可能在符合法定条件下有效。以下从法律依据、效力认定要点及典型案例展开分析：

一、法律依据：核心法律条款

1. 《土地管理法》

   • 第44条：建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续（省级政府或国务院批准）。
     
   • 第63条：农民集体所有的土地使用权不得出让、转让或出租用于非农业建设（法律另有规定的除外）。
     
   • 关键点：非农建设用地转让需严格履行审批程序，且土地性质需符合法定条件。

2. 《民法典》合同编

   • 第143条：民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或公序良俗。
     
   • 第153条：违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效（但强制性规定不导致无效的除外）。
     
   • 关键点：协议若违反土地管理法的强制性规定，可能被认定无效。

3. 《村民委员会组织法》

   • 第24条：涉及村民利益的重大事项（如土地承包经营方案、集体经济所得收益分配）需经村民会议讨论决定。
     
   • 关键点：村委会未经村民会议授权擅自处分集体财产，可能因程序违法导致协议无效。

二、效力认定要点：分情况分析

1. 若土地性质为“集体经营性建设用地”且符合法定条件

   • 有效情形：根据《土地管理法》第63条，集体经营性建设用地入市需符合规划、依法登记，并经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或三分之二以上村民代表同意，报市、县政府批准。
     
   • 案例参考：某市集体经营性建设用地入市试点中，村委会经村民会议同意并报市政府批准后，与企业签订补偿款分配协议，法院认定协议有效（因符合法定程序）。

2. 若土地性质为“农用地”或未履行法定审批程序

   • 无效情形：未经批准将农用地转为建设用地，或未通过省级政府/国务院审批，违反《土地管理法》第44条、第63条，协议因违法而无效。
     
   • 案例参考：某村委会未经审批将农用地转让给开发商，法院以“违反法律强制性规定”为由认定协议无效，开发商需返还土地并赔偿损失。

3. 若村委会未履行民主议定程序

   • 无效情形：未召开村民会议或村民代表会议讨论决定，违反《村民委员会组织法》第24条，协议可能因程序违法被撤销。
     
   • 案例参考：某村委会未经村民会议同意擅自签订补偿款协议，法院以“程序违法”为由撤销协议，要求重新协商。

三、实务建议：如何规避风险？

1. 核查土地性质：确认土地是否为集体经营性建设用地，或是否已依法办理农用地转用审批。
   
2. 履行审批程序：非农建设用地转让需报省级政府或国务院批准，集体经营性建设用地入市需报市、县政府批准。
   
3. 遵守民主议定程序：涉及集体财产处分的重大事项，必须经村民会议或村民代表会议讨论决定。
   
4. 明确合同条款：协议中应载明土地性质、审批文件、补偿款分配方式等关键信息，避免条款模糊导致纠纷。

总结：协议效力需结合土地性质、审批权限、程序合法性及合同内容综合判断。若您遇到具体案件，可直接向我提供协议文本、土地权属证明及审批文件，我将进一步分析风险点并提出解决方案。