针对您提出的“恶意接受虚开增值税专用发票税额1000万元怎么处理”的问题，以下是我给出的详细解答：

首先，恶意接受虚开增值税专用发票是一种严重的违法行为，它违反了国家税收征管和发票管理规定。对于这种行为，法律有明确的处罚规定，包括但不限于罚款、有期徒刑等。

具体到您所描述的情况，恶意接受虚开增值税专用发票税额达到1000万元，这是一个相当大的数额，因此处理起来需要特别谨慎。以下是一些可能的处理方式和建议：

1. 立即补缴税款：

   • 如果尚未将虚开的增值税专用发票用于抵扣税款，应立即补缴相应的税款，以减少可能的法律后果。
   • 如果已经用于抵扣税款，应尽快向税务机关申报并补缴差额税款。

2. 主动投案自首：

   • 考虑到税额巨大，主动向税务机关或公安机关投案自首，并如实供述自己的罪行，是减轻处罚的一个重要途径。
   • 自首情节在司法实践中通常会被视为一个重要的从轻或减轻处罚的情节。

3. 配合调查：

   • 在接受税务机关或公安机关的调查时，应如实提供相关资料和证据，积极配合调查工作。
   • 这有助于查清事实，明确责任，也为后续的司法处理提供有力依据。

4. 寻求专业法律帮助：

   • 鉴于案件的复杂性和严重性，建议尽快咨询并聘请专业的律师或税务师进行法律咨询和代理。
   • 他们能够提供专业的法律意见和指导，帮助您在法律框架内尽可能地减轻处罚。

5. 接受法律制裁：

   • 根据法律规定，恶意接受虚开增值税专用发票的行为将受到相应的法律制裁。
   • 具体处罚措施会根据案件的实际情况、涉案金额、自首情节、认罪态度等因素综合考量。

需要注意的是，每个案件都有其独特性和复杂性，最终的处理结果需要根据具体情况来确定。因此，建议您在处理此类问题时务必保持冷静和理智，积极寻求专业法律帮助，并严格遵守相关法律法规和程序规定。

此外，从更长远的角度来看，企业应该加强内部控制和风险管理，建立健全的财务管理制度和发票管理制度，确保所有交易的真实性和合法性。同时，加强员工培训和法律意识教育，提高员工对税收法规和发票管理规定的认识和遵守程度。这样才能有效避免类似问题的再次发生。