建设项目未办理施工许可证的追诉期问题，核心在于判断违法行为的持续状态，进而确定追诉时效的起算点。针对此问题，存在两种不同的观点，我将分别进行阐述：

1. 追诉期未超出的观点

   • 法律依据：根据当时有效的《中华人民共和国行政处罚法》第二十九条（现《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条）规定，“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。”
   • 案情分析：在建设项目中，若建筑属于不动产，且建设单位一直未办理施工许可证，那么该违法行为将处于继续状态。因为办理施工许可证是建设单位的法定义务，并未因工程的竣工而消除。只要建筑工程存在，未办理施工许可证的事实就一直存在，即违法行为一直处于继续状态。
   • 结论：在此情况下，建设行政主管部门对建设单位未取得施工许可证进行开工建设的行为进行行政处罚，并不违反追诉时效的规定。即使工程竣工多年后才发现未办理施工许可证，建设行政主管部门仍有权进行处罚。

2. 追诉期已超出的观点

   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，但对此条款的理解存在差异。
   • 案情分析：有观点认为，施工行为属于连续状态，而施工才需要施工许可证。一旦工程竣工，施工行为即告终止，那么未办理施工许可证的违法行为也应自工程竣工时开始计算追诉时效。若自工程竣工之日起超过两年才发现未办理施工许可证，则建设行政主管部门无权再进行处罚。
   • 结论：按照此观点，若工程竣工多年后才发现未办理施工许可证，且已超过两年的追诉时效，那么建设行政主管部门对建设单位的处罚将违反追诉时效的规定。

综合建议：

• 从法律条文和实务操作的角度来看，我更倾向于第一种观点，即只要建筑工程存在，未办理施工许可证的违法行为就处于继续状态，建设行政主管部门仍有权进行处罚。
• 然而，在实际操作中，由于对法律条文的理解可能存在差异，以及具体案情的复杂性，建议建设单位在面临此类问题时，及时咨询专业律师，以便更准确地判断追诉时效的起算点，并采取相应的法律措施。
• 同时，建设单位也应严格遵守相关法律法规，及时办理施工许可证等必要手续，以避免不必要的法律风险和损失。

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