结论前置：公司股东申请资产保全冻结账户后，工资发放需根据账户冻结性质、公司资金状况及法律程序综合处理，具体方案如下：

1. 区分账户冻结性质，明确法律限制

• 保全冻结的合法范围：根据《民事诉讼法》第103条，法院保全冻结的账户资金仅限于“与案件有关的财物”，且不得超出申请保全的金额范围。若冻结账户为公司基本户或唯一工资发放账户，需立即向法院提出书面异议，要求解冻部分资金用于工资发放（需提供员工名单、工资标准及资金必要性证明）。
• 紧急解冻程序：若冻结导致员工基本生活困难，可依据《民事诉讼法》第108条申请“行为保全”或“临时解冻”，法院应在48小时内裁定。

2. 公司资金状况的应对方案

• 备用账户启用：若公司有其他未冻结账户（如一般户、专用账户），可优先通过该账户发放工资，但需确保资金来源合法（如非涉案收入）。
• 现金发放或第三方代发：在账户完全冻结且无备用资金时，可与员工协商现金发放（需留存签收记录），或委托第三方机构（如人力资源公司）代发工资，但需签订书面协议明确责任。
• 股东垫付或借款：若公司资金链断裂，可由股东个人垫付工资（需签订借款协议，明确还款来源），或通过股东会决议向金融机构申请短期贷款。

3. 法律程序与员工权益保护

• 员工劳动仲裁优先：根据《劳动合同法》第30条，员工可向劳动仲裁委申请“先予执行”，要求公司立即支付工资（需提供劳动合同、工资条等证据）。
• 破产清算的特殊情形：若公司因冻结导致资不抵债，员工工资属于优先清偿债权（《企业破产法》第113条），可在破产程序中申报债权。
• 股东责任边界：股东仅以出资额为限承担责任，除非存在人格混同（如财产、业务混同）或抽逃出资等情形，否则无需个人财产偿还公司债务。

4. 实务操作建议

• 立即与法院沟通：提交《解冻申请书》及员工工资明细，强调“工资发放属于社会公共利益”，争取部分解冻。
• 公告与协商：向员工书面说明情况，协商分期支付或暂缓发放（需员工签字确认），避免群体性纠纷。
• 法律文书留存：所有沟通记录、协议、法院裁定书均需妥善保存，以备后续争议。

提示：若公司账户被冻结后长期无法解决工资问题，可能面临劳动监察部门处罚或员工集体诉讼，建议尽快委托律师介入处理财产保全异议、劳动仲裁及债务重组等法律程序。如有具体案件细节，可直接向我咨询。