针对您提出的“运输公司违法车辆过多怎么处罚”的问题，这确实是一个涉及道路交通安全和运输市场秩序的重要议题。以下是我根据相关法律法规和实际案例，为您提供的详细解答。

首先，需要明确的是，对于运输公司违法车辆过多的情况，我国实行的是“一超四罚”制度。这一制度不仅针对违法运输的货运车辆和驾驶人进行处罚，还要求货运企业及承运人（源头企业）承担相应的法律责任。具体来说，如果运输公司在一个年度周期内，违法超限运输的货运车辆数量超过本单位货运车辆总数的10%，那么该运输公司将面临严厉的处罚。

根据《公路安全保护条例》第六十六条的规定，道路运输企业1年内违法超限运输的货运车辆超过本单位货运车辆总数10%的，由道路运输管理机构责令道路运输企业停业整顿；情节严重的，吊销其道路运输经营许可证，并向社会公告。这一规定明确了处罚的法律依据和具体标准。

在实际操作中，交通运输执法部门会依据相关法律法规，对违法超限运输行为进行立案调查，并根据调查结果依法作出处罚决定。例如，在三明市明溪县的一个案例中，明溪县恒桦物流有限责任公司因在一个年度周期内，违法超限运输的货运车辆多达8辆，占公司货运车辆总数的15.09%，被交通运输执法部门依法立案，并面临停业整顿甚至吊销道路运输经营许可证的处罚。

此外，还有一些地方性的法规也对违法超限运输行为作出了具体规定。如《福建省治理公路货物运输车辆超限超载条例》第四十条第二、四款就明确规定，道路运输企业一年内违法超限运输的货物运输车辆超过本单位货物运输车辆总数百分之十的，由交通运输综合执法机构责令停业整顿；情节严重的，依法吊销其道路运输经营许可证，并向社会公告。

除了上述的行政处罚外，违法超限运输行为还可能对运输公司的声誉和业务发展造成严重影响。因此，运输公司应当切实履行安全生产主体责任，加强对所属车辆和驾驶员的管理和教育，严格遵守法律法规，坚决杜绝违法超限运输行为的发生。

综上所述，对于运输公司违法车辆过多的情况，我国实行的是严厉的“一超四罚”制度，并依据相关法律法规进行处罚。运输公司应当高度重视这一问题，切实加强内部管理，确保合法合规运输。