结案后，非法经营的工具一般会被依法没收或处理，具体处理方式需根据工具性质、案件情节及法律规定综合判断。以下是详细分析：
没收与销毁
若非法经营工具属于法律明确禁止的物品（如赌博机、伪造证件的设备等），或用于严重违法犯罪活动（如制售假药、非法出版物等），法院会依法判决没收，并由执法机关销毁或作无害化处理，防止再次流入社会。
变卖或拍卖
若工具本身具有合法使用价值（如运输车辆、电子设备等），但被用于非法经营（如无证运输、网络诈骗工具等），且案件情节较轻，法院可能判决没收后由执法机关依法变卖或拍卖，所得款项上缴国库。但需注意，若工具与违法行为密不可分（如改装过的专用设备），通常不会进入变卖程序。
返还与补偿
极少数情况下，若工具所有权人能证明其不知情或未参与违法活动（如车辆被他人盗用从事非法经营），且工具未被损坏，可能通过行政复议或诉讼程序申请返还。但实践中，此类情形需严格举证，成功率较低。
特殊工具的处理
对于涉及危险物品（如易燃易爆品、管制刀具）或技术密集型工具（如加密通信设备），执法机关会委托专业机构进行安全处理或技术解密，防止二次危害。
温馨提示：若您或您的企业涉及类似案件，建议提前整理工具清单、购买凭证及使用记录，以便在诉讼中主张合法权益。如有具体案件细节需分析，可直接向我咨询，我将结合《刑法》《行政处罚法》及相关司法解释为您详细解答。