当市场监督管理局查到过期化妆品时，商家会面临一系列的处理流程和法律后果。以下是对此问题的详细解答：
一、配合调查与了解违规情况
提供详细资料：
- 商家应积极配合市场监督管理局的调查工作，按照要求提供采购凭证、进货台账、销售记录等所有相关资料。这些资料对于监管部门全面了解过期化妆品的来源、数量及销售情况至关重要。
确认违规细节：
- 商家需立即确认过期化妆品的种类、数量及具体销售情况，包括生产批号、有效日期、售价等信息。
- 同时，了解市场监督管理局的具体指控和要求，以便准确评估法律风险并制定应对策略。
二、承担相应法律后果
行政处罚：
- 没收与罚款：根据《化妆品监督管理条例》，市场监督管理局有权没收尚未销售的过期化妆品，并对商家进行罚款。罚款金额根据货值金额确定，货值金额不足1万元的，处1万元以上5万元以下罚款；货值金额1万元以上的，处货值金额5倍以上20倍以下罚款。
- 吊销许可证件：在情节严重的情况下，商家可能面临停产停业、取消备案或吊销化妆品许可证件的处罚，同时对相关责任人员处以个人收入1倍以上3倍以下的罚款。
民事赔偿：
- 如果过期化妆品已经销售并造成消费者损害，商家还需承担民事赔偿责任，包括医疗费、误工费、精神损害抚慰金等。
三、具体案例与处罚裁量
以寿县市场监督管理局处理的某化妆品店经营超过使用期限的化妆品案为例：
- 执法人员在现场检查时发现了多盒超过限期使用日期的化妆品，并依法扣押了这些产品。
- 经查，涉案化妆品货值金额不大，数量不多，违法行为情节轻微，社会危害后果较小。
- 因此，市场监督管理局决定给予减轻处罚，包括没收超过使用期限的化妆品和罚款1000元。
四、整改措施与预防
立即下架与处理：
- 对涉及的过期化妆品进行立即下架、封存和处理，防止继续流通。
全面自查与整改：
- 对整个库存和销售流程进行全面自查，确保无其他类似问题。
- 找出导致过期化妆品出现的原因，如进货渠道、储存条件、销售管理等环节的问题，并采取相应措施进行改进。
加强管理与培训：
- 建立健全化妆品进货查验记录制度，严格审核供应商资质和产品质量。
- 合理控制库存，定期清理，避免化妆品过期积压。
- 加强员工培训，提高员工对化妆品质量安全的认识和管理能力。
建立长效机制：
- 制定严格的制度和措施，确保化妆品的采购、存储、销售和使用都符合法律法规要求。
- 定期审查和优化内部管理制度，以适应市场变化和法规更新。
五、法律救济途径
- 如对市场监督管理局的处罚决定有异议，商家可在规定时间内提出申诉或行政复议，寻求法律救济。
综上所述，当市场监督管理局查到过期化妆品时，商家应积极配合调查、承担法律责任、采取有效整改措施并加强内部管理，以确保合规经营并维护消费者权益。