第三人代位执行了工程款，实际施工人可以依法提出异议或主张权利。具体分析如下：

一. 提出异议

1. 法律依据：根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第五百零一条，人民法院执行被执行人对他人的到期债权时，若该他人（即第三人）对到期债权有异议，人民法院不得对异议部分强制执行。

2. 操作流程：实际施工人作为与工程款有直接利害关系的一方，若认为第三人的代位执行侵犯了其合法权益，可以向执行法院提出书面异议，说明理由并提供相关证据。

3. 异议处理：法院在收到异议后，会按照法定程序进行审查，并根据审查结果决定是否对异议部分停止执行或继续执行。

二. 主张权利

1. 权利基础：实际施工人若与被执行人（如承包商、分包商等）之间存在合法的合同关系，且对工程款享有明确的债权，则有权基于该合同关系主张自己的权利。

2. 诉讼途径：若异议未能得到满意解决，或实际施工人认为其权利受到了严重侵害，可以通过提起民事诉讼的方式，请求法院确认其债权，并要求被执行人或第三人承担相应的法律责任。

3. 证据准备：在主张权利时，实际施工人需要准备充分的证据，如合同、施工记录、结算单等，以证明其与被执行人之间的合同关系及债权数额。

我建议：实际施工人在面临第三人代位执行工程款的情况时，应及时咨询专业律师，了解自己的法律权利和可行的救济途径。同时，积极收集并整理相关证据，以便在必要时提出异议或主张权利。如有进一步需要，您可以继续咨询我。