针对您提出的问题，即小产权房毛坯房离婚三年后男方装修居住，现在女方起诉居住使用，法院会如何判决，以下是我的详细分析：
一、核心结论
- 若小产权房被认定为夫妻共同财产：法院可能会根据双方的实际需求、经济状况、对房屋的贡献等因素，判决房屋的使用权归属。若男方装修并居住多年，且女方无其他合适居住场所，法院可能会倾向于维持现状或判决男方继续使用，但同时可能要求男方给予女方一定的经济补偿。
- 若小产权房被认定为男方个人财产：则女方无权要求居住使用，法院可能会驳回女方的诉讼请求。
二、详细分析
（一）小产权房的产权归属
- 夫妻共同财产：如果小产权房是在婚姻关系存续期间购买或建造的，且双方没有约定为各自所有，那么该房屋通常会被认定为夫妻共同财产。在此情况下，双方对房屋享有平等的处理权。
- 男方个人财产：如果小产权房是男方在婚前购买或建造的，且能够证明购房款或建房款完全由其个人出资，那么该房屋可能会被认定为男方的个人财产。
（二）法院判决的考虑因素
- 房屋的实际使用情况：男方已经装修并居住多年，这可能会成为法院考虑的一个因素。如果女方长期未对该房屋提出异议，且男方已经形成了稳定的生活环境，法院可能会倾向于维持现状。
- 双方的经济状况和需求：法院会考虑双方的经济状况、居住需求等因素。如果女方无其他合适居住场所，且经济状况较差，法院可能会判决男方给予女方一定的经济补偿或调整房屋的使用权。
- 对房屋的贡献：如果男方在装修过程中投入了大量资金和精力，这可能会成为法院考虑的一个因素。法院可能会认为男方对房屋的贡献较大，从而在判决时给予一定的倾斜。
（三）可能的判决结果
- 判决房屋使用权归属：根据上述因素，法院可能会判决房屋的使用权归属男方或女方，或者判决双方共同使用。如果判决男方继续使用，法院可能会要求男方给予女方一定的经济补偿。
- 驳回诉讼请求：如果法院认为女方无权要求居住使用该房屋（例如，房屋被认定为男方个人财产），则可能会驳回女方的诉讼请求。
三、建议与注意事项
- 收集证据：无论您是男方还是女方，都应积极收集与房屋产权、装修投入、居住情况等相关的证据，以便在诉讼中维护自己的权益。
- 咨询专业律师：由于小产权房的产权问题较为复杂，且涉及法律条款较多，建议您在诉讼前咨询专业律师，以便更好地了解自己的权益和诉讼风险。
- 尊重法院判决：无论法院最终如何判决，都应尊重并执行判决结果。如果对判决结果有异议，可以在法定期限内提出上诉。
如果您在此方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供更详细、更专业的法律建议。