针对您提出的“在建违章停止建设怎么处理”的问题，根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，我将为您详细解答处理流程和可能的处罚措施。

首先，对于未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的行为，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门会责令停止建设。这是处理此类违章行为的第一步，旨在立即制止违法行为的继续进行。

接下来，根据违法行为的严重程度和是否可采取改正措施，处理方式会有所不同：

1. 尚可采取改正措施消除对规划实施影响的：

   • 在这种情况下，相关部门会限期要求建设者进行改正，即按照规划要求进行整改。
   • 同时，会对建设者处以建设工程造价5%以上10%以下的罚款。罚款的具体比例会根据违法行为的轻微、一般或严重程度来判定。

2. 无法采取改正措施消除影响的：

   • 如果违法行为已经造成了无法挽回的影响，或者整改后仍无法满足规划要求，相关部门会限期要求拆除违法建筑。
   • 如果违法建筑无法拆除，或者拆除后会造成更大的损失，相关部门会没收实物或者违法收入。
   • 在这种情况下，还可以并处建设工程造价10%以下的罚款。

此外，根据违法行为的轻微、一般或严重程度，处罚标准也会有所不同。例如，轻微违法行为可能处以建设工程造价5%以上6%以下的罚款，而严重违法行为则可能处以8%以上10%以下的罚款。

最后，如果您对处理结果有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

综上所述，对于在建违章停止建设的处理，相关部门会根据违法行为的严重程度和是否可采取改正措施来制定相应的处理方案和处罚措施。希望这些信息能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。