个体户可以签订合作协议，且通常是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律层面
根据《民法典》等相关法律法规，民事法律行为有效的条件主要包括：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律及行政法规强制性规定、不违背公序良俗。只要个体户签订的合作协议满足这些条件，就受法律保护，具有法律效力。这意味着，个体户之间或个体户与其他主体之间，基于平等、自愿原则，就合作事项达成一致，并签订书面合作协议，该协议在法律上通常是有效的。
二、协议内容层面
合作协议的有效性还取决于其内容是否合法、合理。具体来说：
内容合法：协议内容不得违反法律法规的强制性规定，不得涉及违法犯罪活动或违背道德伦理的约定。例如，协议中不能约定从事非法交易活动，否则该协议将不受法律保护。
意思表示真实：协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方以欺诈手段使对方在不知情的情况下签订协议，或者以胁迫方式让对方迫于压力而签订，这些情况都会使协议的有效性受到质疑。
条款明确：协议条款应当明确具体，避免模糊和歧义。这有助于减少后续可能出现的法律纠纷，确保双方权益得到有效保障。
三、特殊情形与风险
尽管个体户签订的合作协议在法律上通常是有效的，但也存在一些特殊情形和风险需要注意：
个体工商户的特殊性：个体工商户的经营主体登记为个人，其私下签订的合作协议约定的权利义务仅在合伙人之间有效，不能对抗善意第三人。例如，如果个体工商户产生债务，债权人可以要求登记的经营者承担责任。承担责任后，经营者可以依据合作协议向其他合伙人追偿。
协议无效的情形：如果合作协议存在显失公平、欺诈、胁迫、违反公序良俗等情形，可能导致协议无效。此外，如果协议涉及违法经营内容或约定违反公平原则、损害国家、集体或他人合法权益，协议也可能被认定无效。
四、法律建议
为了确保个体户签订的合作协议合法有效，并降低后续法律纠纷的风险，我建议您：
在签订协议前仔细审查协议内容：确保协议内容合法、合理、明确具体，不存在模糊和歧义。
咨询专业律师：在签订重要合作协议前，可以咨询专业律师的意见，以确保协议的法律效力和可执行性。
保留相关证据：在合作过程中，注意保留与协议履行相关的证据，如沟通记录、付款凭证等，以备不时之需。
个体户可以签订合作协议，且通常是合法的。但为了确保协议的有效性和降低法律纠纷的风险，建议您在签订协议前仔细审查协议内容，并咨询专业律师的意见。如果您在签订或履行合作协议过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。