结论前置：

1. 关于是否会被纪检委处理：一般情况下，单纯的民事经济纠纷且已过六年，纪检委通常不会直接介入处理，除非涉及公职人员违法违纪行为。
2. 关于赔偿与诉讼时效：若公司损失已由您赔偿，且无新证据证明原赔偿决定有误，则一般无需再次赔偿；但需注意，民事诉讼的时效期间通常为三年，已过六年可能面临诉讼时效抗辩。

详细分析：

一、纪检委的介入条件

纪检委（纪律检查委员会）主要负责党内纪律的监督和执行，以及公职人员违法违纪行为的查处。在您所描述的情况中，若仅涉及多人在证明书上签字导致的经济纠纷，且该纠纷已通过民事途径解决（如您已赔偿公司损失），且没有证据表明存在公职人员利用职权进行违法违纪行为，那么纪检委通常不会直接介入处理此类民事纠纷。

二、赔偿与诉讼时效

1. 赔偿问题：

   • 若您已根据公司要求或法院判决赔偿了公司损失，且在赔偿后没有新证据表明原赔偿决定存在错误或遗漏，那么您一般无需再次进行赔偿。
   • 赔偿的依据通常是合同、法律或法院判决，一旦履行完毕，除非有法定事由（如欺诈、胁迫等），否则不得随意变更或撤销。

2. 诉讼时效：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，如果公司在知道或应当知道其权利受到侵害之日起三年内未提起诉讼或仲裁，那么其可能面临诉讼时效抗辩，即被告可以主张原告的诉讼请求已超过诉讼时效期间，从而拒绝履行义务。
   • 在您的情况下，如果公司损失的发生至今已超过六年，且公司在此期间内未提起诉讼或仲裁，那么您可以主张诉讼时效抗辩。但需要注意的是，如果存在诉讼时效中断或中止的情形（如公司曾向您主张权利、您同意履行义务等），则诉讼时效期间可能重新计算或暂停计算。

三、建议与后续行动

1. 保留证据：尽管已过六年，但建议您仍保留好与赔偿相关的所有证据（如赔偿协议、收据、转账记录等），以备不时之需。
2. 咨询法律意见：如果您对赔偿问题或诉讼时效有进一步疑问，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见。
3. 关注公司动态：如果公司后续有新的动作（如提起诉讼、要求追加赔偿等），您应及时了解并应对。

四、特殊情况考虑

• 如果涉及的多人中有公职人员，且该公职人员在证明书上签字的行为与其职务有关，且存在违法违纪嫌疑（如滥用职权、谋取私利等），那么纪检委可能会介入调查。但这种情况需要具体的证据支持，且通常与单纯的民事经济纠纷不同。

总结：

在您所描述的情况中，单纯的民事经济纠纷且已过六年，纪检委通常不会直接介入处理。关于赔偿问题，如果您已履行完毕且无新证据表明原赔偿决定有误，则一般无需再次赔偿。但需注意诉讼时效问题，如果公司后续有动作，您应及时应对。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。