在机动车与电瓶车发生碰撞且双方被判定为同等责任的情况下，赔偿问题需要遵循一系列明确的步骤和法律规定。以下是对此问题的详细解答：

一、赔偿的基本原则

在同等责任的情况下，赔偿将首先通过机动车的交强险进行，超出交强险责任限额的部分，双方将按照责任比例分担赔偿责任。虽然理论上双方应各自承担50%的赔偿比例，但在实际操作中，出于保护弱者的原则，机动车方往往会被要求承担更高比例的赔偿责任，通常在60%-70%之间，而电瓶车方则承担30%-40%。

二、交强险的赔付

机动车交强险在责任限额内进行赔偿，不区分责任比例。具体赔付限额如下：

• 死亡伤残赔偿限额：有责情况下为18万元。
• 医疗费用赔偿限额：有责情况下为1.8万元。
• 财产损失赔偿限额：有责情况下为2000元。

这一赔付旨在保障电瓶车一方的基本损失能先得到一定补偿。

三、超出交强险部分的责任分担

超出交强险责任限额的部分，双方将按照责任比例分担赔偿责任。例如，如果事故造成的总损失为10万元，交强险赔偿了5万元，那么剩余的5万元将由机动车和电瓶车方按照各自的责任比例分担。如果机动车方承担60%的责任，那么它将再赔偿3万元（5万元*60%），而电瓶车方则自负2万元（5万元*40%）。

四、商业险的作用

如果机动车同时投保了商业第三者责任险，那么机动车一方应承担的赔偿责任，可以先由商业险根据保险合同进行赔偿。这可以进一步减轻机动车方的赔偿负担。例如，在上述例子中，如果机动车方需要赔偿的3万元符合商业险的理赔条件，那么这3万元可以由商业险赔付。

五、赔偿项目与流程

赔偿项目：

• 电瓶车方可能包括车辆维修费、医疗费、误工费、护理费、交通费、营养费、残疾赔偿金等。
• 机动车方类似，主要是车辆维修费及人员受伤相关费用。

赔偿流程：

1. 及时报警与通知保险公司：事故发生后，应立即报警并通知保险公司，以便勘查现场、出具责任认定书及查勘定损。
2. 协商赔偿：双方根据责任认定和保险理赔情况协商赔偿事宜，力求达成一致。
3. 准备理赔材料：收集事故责任认定书、医疗费用发票、病历、车辆维修发票等理赔所需材料。
4. 申请理赔：向保险公司提交理赔申请，按照要求提供相关资料。
5. 诉讼解决：若协商不成，可向人民法院提起诉讼，通过法律途径解决争议。

六、总结与建议

在处理机动车与电瓶车碰撞事故时，应充分了解赔偿项目、交强险及商业险的赔付规则，并按照法定流程进行操作。同时，保留好所有相关证据，如事故现场照片、责任认定书、医疗费用发票等，以便在需要时维护自己的合法权益。若遇复杂情况或争议，建议寻求专业法律帮助或调解服务，以确保赔偿问题的公正、合理解决。