针对您提出的“土地流转违反程序怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律法规和农民权益的重要议题。以下是我根据相关法律法规和实际案例，为您提供的详细解答：

一、土地流转应遵循的程序

首先，我们需要明确土地流转应当遵循的基本程序。根据《中华人民共和国农村土地承包法》、《农村土地经营权流转管理办法》等相关法律法规，土地流转应当遵循以下原则：

1. 依法自愿有偿：土地流转应当遵循依法、自愿、有偿的原则，任何组织和个人不得强迫或者阻碍承包方进行土地承包经营权流转。
2. 签订书面合同：土地流转应当签订书面合同，明确流转双方的权利义务、流转期限、流转价格及支付方式等条款。
3. 备案登记：土地流转合同签订后，应当向发包方备案，并由发包方或者乡镇人民政府农村土地承包管理部门进行登记。

二、违反程序的处理方式

当土地流转违反上述程序时，可以采取以下处理方式：

1. 协商解决：

   • 如果流转双方能够就违反程序的问题达成一致，可以通过协商的方式解决，如重新签订合同、补办备案手续等。

2. 行政调解：

   • 如果协商无果，可以向当地乡镇人民政府农村土地承包管理部门或者县级以上地方人民政府农业、林业等行政主管部门申请调解。
   • 调解过程中，相关部门会依据法律法规和政策规定，对流转双方进行劝导和教育，促使双方达成和解。

3. 仲裁或诉讼：

   • 如果调解无果，流转双方可以根据土地流转合同中的仲裁条款或者事后达成的仲裁协议，向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁。
   • 对仲裁结果不服的，可以在收到仲裁裁决书之日起三十日内向人民法院起诉。
   • 如果没有仲裁条款或者仲裁协议，流转双方也可以直接向人民法院提起民事诉讼。

4. 行政处罚与纪律处分：

   • 对于违反土地流转程序，特别是涉及非法流转、改变耕地用途、超承包期流转等严重违法行为的，相关部门将依法进行行政处罚。
   • 如果涉及公职人员或村干部违规操作，还将依据党纪政纪进行纪律处分，如警告、记过、撤职等。

三、实际案例参考

以筠连县腾达镇建设村为例，该村原村主任贾某违规流转建设村七组70余户群众的耕地用于集中连片种植桉树，后来项目失败，土地复耕，但一直未将耕地划分到户、归还群众。收到群众反映后，腾达镇纪委将其作为开展群众身边不正之风和腐败问题集中整治的重点，通过查找土地流转相关资料、走访听取村组干部意见、召开村民大会等方式，全面查清了该宗土地流转的来龙去脉，并提出了土地确权到户分配方案。最终，原村主任贾某因违反群众纪律受到党内警告处分，流转土地得以划分到户。

四、建议与预防

为了避免土地流转违反程序的问题发生，建议：

1. 加强法律法规宣传：提高农民对土地流转法律法规的认识，增强依法流转的意识。
2. 完善流转程序：建立健全土地流转备案、登记制度，确保流转过程合法合规。
3. 强化监督监管：加强对土地流转市场的监督监管，及时发现和纠正违规行为。

综上所述，土地流转违反程序时，可以通过协商、行政调解、仲裁或诉讼等方式进行处理，并依法对违规行为进行行政处罚和纪律处分。同时，加强法律法规宣传、完善流转程序和强化监督监管也是预防违规行为的重要措施。