不配合行政执法机关调查，可能会面临多种法律后果，具体分析如下：
一、行政处罚
警告或罚款：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十条，阻碍国家机关工作人员依法执行职务的，处警告或者二百元以下罚款；情节严重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。这意味着，如果个人或组织不配合行政执法机关的调查，可能会首先受到警告或罚款的处罚。
从重处罚：
- 根据《关于规范市场监督管理行政处罚裁量权的指导意见》第十六条，阻碍或者拒不配合行政执法人员依法执行职务的，可以依法从重行政处罚。这表明，不配合调查的行为可能会加重处罚力度。
“零口供”处罚：
- 在事实清楚、证据充分、程序合法的情况下，市场监管部门可以实施“零口供”处罚。即，即使当事人不配合调查，不提供口供，行政机关也可以依据其他有效证据对违法行为进行处罚。
二、刑事责任
妨害公务罪：
- 如果以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务，构成犯罪的，依法追究刑事责任。这表示，不配合调查的行为如果升级为暴力或威胁手段，将可能面临刑事指控。
其他相关犯罪：
- 根据具体行为，不配合调查还可能涉及其他犯罪，如伪造、隐匿、毁灭证据或提供虚假证言等，这些行为也可能构成犯罪，并受到相应的刑事处罚。
三、实际案例中的后果
国家市场监督管理总局处理的案件：
- 在潍坊普云惠医药有限公司的案例中，当事人法定代表人强硬拒绝提供相关资料，阻挠执法人员查阅电子数据、文件资料，并多次表示不同意执法人员开展调查。最终，当事人因拒绝提供有关材料、信息，隐匿、销毁、转移证据，拒绝、阻碍反垄断执法机构调查的违法行为，被处以罚款100万元，同时对两名个人分别处罚10万元。
县级行政执法机关处理的案件：
- 在四川省自贡市富顺县市场监管局的案例中，个体经营户邓某拒绝在食品安全抽样文书上签字，现场抽样时将店门关闭并自行离去，致使本次抽样工作无法正常开展。最终，邓某被依法责令立即改正，并作出警告、罚款2000元的行政处罚决定。
四、法律建议
积极配合调查：
- 服从并主动配合行政执法工作是应尽的法律义务。不配合调查不仅可能面临行政处罚，还可能升级为刑事责任。
了解法律后果：
- 在面对行政执法机关的调查时，应了解不配合调查可能带来的法律后果，包括行政处罚和刑事责任。
寻求法律帮助：
- 如果对行政执法机关的调查有异议或疑问，应及时寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。
不配合行政执法机关调查的行为可能会面临严重的法律后果，包括行政处罚和刑事责任。因此，建议个人和组织在面对行政执法机关的调查时，应积极配合，了解法律后果，并在必要时寻求法律帮助。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。