租的底商成为法拍房是合法的。在现行有效的法律法规框架下，即使房屋存在租赁关系，这并不影响其进入司法拍卖程序。不过，在此过程中，“买卖不破租赁”原则适用，即房屋在租赁期间发生所有权变动的，不影响租赁合同的效力。也就是说，即使底商被拍卖，原租赁合同对新的房屋所有权人依然有效，承租人仍可按照原租赁合同继续使用房屋直至租赁期限届满。
具体来说：
法拍房的合法性：法院有权对涉及法律纠纷的房产进行拍卖，以清偿债务或执行法律判决。这一过程中，房产的租赁状态并不构成拍卖的障碍。
租赁关系的保护：根据“买卖不破租赁”的原则，租赁关系在房产所有权变动时继续有效。这意味着，即使底商成为法拍房并被新的所有权人购得，承租人仍然有权按照原租赁合同继续使用该房产，直至租赁期限届满。
风险与应对：对于承租人而言，需要密切关注房产的拍卖情况，并在必要时与新的所有权人进行沟通，以确保租赁关系的顺利延续。同时，承租人也可以咨询专业律师（如我），以了解更详细的法律权益和保护措施。
总之，租的底商成为法拍房在符合法定程序和遵循“买卖不破租赁”原则的前提下是合法的。承租人应密切关注相关情况，并咨询专业律师以维护自身权益。