对于“12年的案件在2025年立案是否可以申请不予起诉”的问题，首先需要明确的是，是否可以申请不予起诉主要取决于案件的具体情况和相关法律规定，而非仅仅基于案件发生的时间与立案时间的间隔。下面我将从几个方面进行详细分析：

1. 不予起诉的法定条件：

   • 根据《刑事诉讼法》的相关规定，不予起诉主要适用于以下几种情况：情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的；依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；犯罪嫌疑人、被告人死亡的；以及其他法律规定免予追究刑事责任的。

2. 追诉时效的考虑：

   • 如果案件涉及的犯罪行为已经过了追诉时效期限，那么检察机关可以依法作出不予起诉的决定。追诉时效的具体期限根据犯罪的性质和严重程度有所不同，且可能受到中断、中止等因素的影响。
   • 对于12年前的案件，需要具体分析该案件涉及的犯罪是否已经过了追诉时效。如果已经过了追诉时效，那么可以申请不予起诉。

3. 案件证据和事实情况：

   • 检察机关在决定是否起诉时，还会综合考虑案件的证据是否充分、事实是否清楚。如果案件证据不足或者事实不清，检察机关也可能作出不予起诉的决定。
   • 因此，对于12年前的案件，如果证据已经灭失或者无法获取，或者案件事实存在重大疑问，那么也可能成为申请不予起诉的理由。

4. 其他法律规定：

   • 除了《刑事诉讼法》外，其他相关法律也可能对不予起诉的情况作出规定。因此，在申请不予起诉时，还需要全面检索相关法律法规，确保申请理由的充分性和合法性。

综上所述，对于“12年的案件在2025年立案是否可以申请不予起诉”的问题，并不能简单地给出肯定或否定的答案。而是需要根据案件的具体情况和相关法律规定进行综合判断。如果你或你的亲友面临这样的情况，建议尽快咨询专业律师，以便更准确地了解法律程序和申请不予起诉的可能性。