可以申请对在建工程整体进行已查封财产的拍卖，但需满足一定条件并遵循法定程序。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律基础与原则
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，对于被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权查封、扣押、冻结、拍卖、变卖被执行人应当履行义务部分的财产。在建工程作为被执行人的财产之一，若已被查封，且符合拍卖条件，自然可以申请拍卖。
二、申请拍卖的条件
查封合法有效：首先，确保对在建工程的查封是合法有效的，即查封程序符合法律规定，查封裁定已送达被执行人且查封措施已实际执行。
具备拍卖价值：在建工程应具备拍卖价值，即存在潜在买家，且拍卖价格能够覆盖执行费用及债务本金等。这通常需要对在建工程进行价值评估。
无其他优先权：需确认在建工程上不存在其他优先受偿权，如建设工程价款优先受偿权、抵押权等。若存在，需先协调或解决这些优先权问题。
符合拍卖程序：申请拍卖需遵循法定程序，包括向法院提交拍卖申请、提供相关证据材料、参与拍卖公告的发布等。
三、申请拍卖的流程
提交申请：向执行法院提交拍卖申请，附上查封裁定、在建工程权属证明、价值评估报告等材料。
法院审查：法院对申请进行审查，确认是否符合拍卖条件。
发布拍卖公告：若法院决定拍卖，将发布拍卖公告，明确拍卖时间、地点、标的物等信息。
组织拍卖：法院或委托拍卖机构组织拍卖活动，确保拍卖过程公开、公平、公正。
成交确认与过户：拍卖成交后，法院出具成交确认书，买受人凭此办理在建工程过户手续。
四、注意事项与风险提示
风险评估：在申请拍卖前，应对在建工程的市场前景、潜在买家群体等进行充分评估，以降低流拍风险。
协调优先权：若在建工程上存在优先受偿权，需提前与相关权利人协商解决方案，避免拍卖后引发纠纷。
遵守程序：严格遵守拍卖程序，确保拍卖活动的合法性和有效性。任何违反程序的行为都可能导致拍卖无效或引发法律责任。
后续处理：拍卖成交后，需及时办理过户手续，并确保买受人能够顺利接收和使用在建工程。同时，还需关注拍卖款项的分配问题，确保债务得到清偿。
建议：在申请拍卖前，务必咨询专业律师，对在建工程的法律状况、市场价值等进行全面评估，并制定详细的拍卖方案。若您有任何关于在建工程拍卖的法律问题，欢迎直接向我咨询。