自筹自支的事业单位在员工请事假时，是否扣绩效工资，这主要取决于单位内部的规章制度以及劳动合同或相关协议的约定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
单位规章制度：
- 自筹自支的事业单位，虽然其经费来源相对独立，但仍需遵循国家及地方的相关劳动法律法规。单位内部通常会制定一套规章制度，用于规范员工的考勤、请假、薪酬等事项。
- 如果单位规章制度中明确规定了请事假期间扣发绩效工资，那么员工在请事假时，单位有权按照规章制度执行。
- 反之，如果规章制度中没有此类规定，或者规定不明确，那么单位就不能随意扣发员工的绩效工资。
劳动合同或相关协议：
- 员工与单位签订的劳动合同或相关协议中，可能会对请事假期间的薪酬待遇作出具体约定。
- 如果合同或协议中明确规定了请事假不扣绩效工资，那么单位就必须遵守这一约定，不得扣发。
- 如果合同或协议中没有相关规定，或者规定与单位规章制度相冲突，那么需要依据法律法规和公平原则进行协商解决。
法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工享有请假的权利，但具体请假期间的薪酬待遇需依据单位规章制度和劳动合同来确定。
- 如果单位规章制度或劳动合同中的规定违反了法律法规的强制性规定，那么这些规定是无效的，单位不能依据无效的规定来扣发员工的绩效工资。
建议：
- 对于员工而言，在请事假前，最好先了解单位内部的规章制度和劳动合同中的相关规定，以免因不了解规定而产生不必要的纠纷。
- 如果单位确实要扣发绩效工资，且员工认为这一做法不合理或违反了相关规定，那么员工可以与单位进行协商，或者向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果单位违反规定扣发员工的绩效工资，且员工通过合法途径进行维权，那么单位可能会面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于责令改正、罚款等。
- 同时，员工也有权要求单位补发被扣发的绩效工资，并可能要求单位支付相应的经济补偿。
综上所述，自筹自支的事业单位在员工请事假时是否扣绩效工资，需依据单位规章制度、劳动合同以及相关法律法规来确定。如有任何疑问或争议，建议直接向我咨询，以便得到更具体、更专业的法律建议。