结论：父子两人做亲子鉴定时，如果两人之间的样本相互调换了，这一定会影响鉴定结果，且可能导致错误的鉴定结论。
详细分析
亲子鉴定的基本原理：
亲子鉴定是通过比较被鉴定人（如父子）的DNA序列，特别是那些在个体间具有高度特异性的遗传标记，来确定他们之间是否存在生物学上的亲子关系。这一过程依赖于样本中DNA的准确性和完整性。
样本调换的影响：
- 错误匹配：如果父子两人的样本被调换，那么实际上是在比较两个无关个体的DNA。由于他们的遗传标记不同，鉴定结果很可能会显示他们之间不存在亲子关系，这与实际情况完全相反。
- 鉴定结论的误导性：错误的样本匹配会导致鉴定机构出具错误的鉴定报告，这可能对家庭关系、法律权益等产生深远影响。例如，在涉及继承权、抚养权等法律纠纷中，错误的亲子鉴定结果可能成为决定案件走向的关键因素。
实际操作中的注意事项：
- 样本采集的规范性：在进行亲子鉴定时，必须确保样本的采集过程规范、严格，避免任何可能的污染或混淆。这包括使用干净的采集工具、正确的采集方法以及妥善的样本保存和运输。
- 鉴定机构的资质与信誉：选择具有合法资质和良好信誉的鉴定机构进行亲子鉴定至关重要。这些机构通常拥有先进的检测技术和严格的质量控制体系，能够确保鉴定结果的准确性和可靠性。
法律后果与应对措施：
- 法律后果：如果因样本调换导致错误的亲子鉴定结果，并因此引发了法律纠纷或损害了当事人的合法权益，那么相关责任方（如鉴定机构或样本采集人员）可能需要承担法律责任。
- 应对措施：一旦发现样本调换或鉴定结果存在疑问，应立即与鉴定机构联系并要求重新进行鉴定。同时，也可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师以维护自己的合法权益。
建议
- 确保样本采集的准确性：在进行亲子鉴定前，务必仔细核对样本采集人员的身份和采集过程，确保样本的准确性和完整性。
- 选择正规鉴定机构：选择具有合法资质和良好信誉的鉴定机构进行亲子鉴定，以确保鉴定结果的准确性和可靠性。
- 及时咨询专业律师：如果因亲子鉴定结果引发了法律纠纷或损害了您的合法权益，请及时咨询专业律师以获取法律援助和维权建议。
作为专注于婚姻家庭、遗产继承领域的专业律师，我建议您在处理此类敏感问题时务必谨慎行事，并随时向我咨询以获取专业的法律指导和帮助。