针对您提出的“畜禽养殖场违法用地行政处罚所依据”的问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您详细解答。

首先，需要明确的是，畜禽养殖场违法用地可能涉及多个方面的违法行为，包括但不限于未按照规定进行备案、未建设或未正常运行污染防治配套设施、非法占用土地等。针对这些不同的违法行为，行政处罚的依据也会有所不同。

一、未按照规定进行备案的行政处罚依据

根据《畜禽养殖场备案管理办法》的相关规定，达到农业农村部规定的养殖规模标准的畜禽养殖场，应当按照办法的规定进行备案。如果畜禽养殖场未按照规定进行备案，县级以上地方人民政府农业农村主管部门将责令其限期改正；未在规定期限内改正或者存在其他严重情节的，可以处一万元以下罚款。这一规定明确了未备案行为的行政处罚依据。

二、未建设或未正常运行污染防治配套设施的行政处罚依据

以您提供的案例为例，重庆坤昌农业发展有限公司未保证污染防治配套设施正常运行，违反了《畜禽规模养殖污染防治条例》第十三条第三款的规定。根据该条例第三十九条，未建设污染防治配套设施或者自行建设的配套设施不合格，也未委托他人对畜禽养殖废弃物进行综合利用和无害化处理，畜禽养殖场、养殖小区即投入生产、使用，或者建设的污染防治配套设施未正常运行的，由县级以上人民政府环境保护主管部门责令停止生产或者使用，可以处10万元以下的罚款。这一规定明确了未建设或未正常运行污染防治配套设施的行政处罚依据。

三、非法占用土地的行政处罚依据

如果畜禽养殖场存在非法占用土地的行为，那么行政处罚的依据将主要依据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规。根据土地管理法的规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

综上所述，畜禽养殖场违法用地的行政处罚依据主要取决于具体的违法行为类型。针对未备案、未建设或未正常运行污染防治配套设施以及非法占用土地等不同行为，都有相应的法律法规作为行政处罚的依据。因此，在处理畜禽养殖场违法用地问题时，需要首先明确具体的违法行为类型，然后依据相应的法律法规进行处罚。