当税务机关在案件查处过程中，发现公司的违法行为有涉嫌犯罪的情况时，应严格按照法律法规的规定，及时、规范地将案件移送司法机关处理，以确保税收秩序和法律的尊严。以下是具体的处理流程和要点：
一、移送前的准备与审批
成立专案组： 税务机关在发现涉嫌犯罪行为后，应立即指定2名或2名以上行政执法人员组成专案组，专门负责核实涉嫌犯罪的具体情况。
内部审批： 专案组核实情况后，需提出移送涉嫌犯罪案件的书面报告，并报经本机关正职负责人或主持工作的负责人审批。审批过程应在接到报告之日起3日内完成。
决定移送： 若决定批准移送，税务机关应在24小时内向同级公安机关移送案件；若不批准，则需记录不予批准的理由，并存档备查。
二、移送材料的准备与提交
移送书： 税务机关必须附送《涉嫌犯罪案件移送书》，其中应载明移送机关、被移送机关（即公安机关）、案件名称、主要违法事实及联系方式等关键信息。
调查报告： 同时，需附上《涉嫌犯罪案件情况的调查报告》，详细报告案件来源、查获情况、犯罪嫌疑人信息、涉嫌犯罪事实、证据和法律依据等。
涉案物品清单： 提供涉案物品清单，详细列明物品名称、规格、数量、特征等，以便公安机关进行后续处理。
检验报告或鉴定结论： 如有相关检验报告或鉴定结论，也应一并移送，作为案件定性的重要依据。
其他相关材料： 包括但不限于税务登记证、纳税申报表、账簿凭证等与案件相关的其他材料。
抄送备案： 税务机关还需将《涉嫌犯罪案件移送书》及有关材料目录抄送本级行政监察机关备案，并抄送同级人民检察院，以确保案件的透明度和公正性。
三、移送后的协作与处理
交接手续： 公安机关在收到移送书后，应与税务机关办理交接手续，确保案件材料的完整性和准确性。
后续侦查与起诉： 公安机关将对移送的案件进行进一步侦查，并根据侦查结果决定是否提起公诉。若提起公诉，则由人民检察院负责审查起诉，并由人民法院进行审判。
行政处罚与刑事处罚的衔接： 在案件移送前，税务机关可以根据《征管法》对当事人做出一定行政处罚。但需注意，行政处罚并不替代刑事处罚。若人民法院判处罚金，且税务机关已给予当事人罚款的，应依法折抵相应罚金。
四、注意事项与建议
严格依法办事： 税务机关在处理涉嫌犯罪案件时，应严格遵守法律法规的规定，不得以行政处罚代替刑事处罚。
加强部门协作： 税务机关应与公安机关、人民检察院等司法机关保持密切沟通与协作，确保案件的顺利移送和后续处理。
完善工作机制： 针对涉嫌犯罪案件移送过程中存在的问题和不足，税务机关应不断完善工作机制，明确移送程序、手续和要求，提高移送效率和质量。
提升执法能力： 税务机关应加强对执法人员的培训和教育，提高其对涉嫌犯罪案件的识别和移送能力，确保税收秩序和法律的尊严得到有效维护。